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La structuration du PRES Bourgogne Franche-Comté s'articule autour de la constitution d'une fondation de coopération scientifique et d'une université fédérale. « L'organisation du PRES, sur deux pieds, marque une innovation », relève Claude Condé, président de l'université de Franche-Comté, lors d'une conférence de presse organisée à Besançon mardi 16 novembre 2010. « Elle devrait faire école. » Elle doit permettre de souder la formation et la recherche, à travers la fondation dont les statuts ont été votés par les membres fondateurs, et de connecter les mondes économique et universitaire à travers l'université fédérale, dont l'organisation, en discussion, constituera « un nouveau modèle », selon Sophie Béjean, la présidente de l'université de Bourgogne.
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« Dans le cadre du PRES Bourgogne Franche-Comté Universités, les universités de Besançon et de Dijon accueilleront le 'G8 des universités' en 2011 », annonce à AEF Claude Condé, président de l'UFC (université de Franche-Comté), lundi 19 avril 2010. La CPU a retenu, à l'issue d'un vote jeudi 15 avril, la candidature des deux établissements, rapporte-t-il. L'université Versailles-Saint-Quentin était également candidate.
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« Nous voulons construire une université fédérale à l'échelle de nos deux régions », déclare Sophie Béjean, présidente de l'UB (université de Bourgogne), lundi 10 novembre 2009 à Besançon (Doubs) au terme d'une réunion entre les présidents des deux universités et les présidents des conseils régionaux de Bourgogne et de Franche-Comté. Sophie Béjean et Claude Condé, président de l'UFC (université de Franche-Comté), ont confirmé la constitution d'une association de préfiguration « dans les prochaines semaines » puis d'une fondation de coopération scientifique (AEF n°286198).
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L'université de Bourgogne et l'université de Franche-Comté s'engagent dans « une démarche pré-fusionnelle » et veulent créer « une association de préfiguration » avant la fin de l'année 2009, déclarent à AEF, leurs présidents respectifs, Sophie Béjean et Claude Condé. Parallèlement, les deux établissements travaillent avec leurs partenaires sur la constitution d'un PRES inter-régional qui prendra le statut de FCS (fondation de coopération scientifique) et non d'EPCS. « Nous avons d'abord travaillé sur l'approfondissement des relations entre les deux universités avant de nous ouvrir aux autres à travers le PRES », explique Claude Condé. « Mais l'un de va pas sans l'autre car nous voulons placer nos universités au coeur de l'espace inter-régional. »
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« Ce comité d'orientation stratégique marque l'acte fondateur de la gouvernance du PRES Bourgogne Franche-Comté Universités », déclare Sophie Béjean, présidente de l'UB (université de Bourgogne), vendredi 10 juillet 2009 à Dole (Jura). Une semaine après le forum organisé à Dijon à l'intention de la communauté universitaire (AEF n°292442), Sophie Béjean et Claudé Condé, président de l'UFC (université de Franche-Comté), ont réuni leurs partenaires, des représentants des établissements d'enseignement supérieur, des collectivités territoriales et acteurs économiques. « Nos deux universités avaient à se mettre en phase. Aujourd'hui, nous pouvons nous ouvrir et inviter d'autres partenaires de l'enseignement supérieur à nous rejoindre », explique Claude Condé.
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