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La recherche clinique « n'est pas labellisée et n'est donc ni reconnue ni mesurée par l'université », affirme dans sa synthèse le groupe « Management de la recherche » des douzièmes assises nationales hospitalo-universitaires, le 2 décembre 2010 à Lyon. Piloté par Benoît Schlemmer, vice-président de la Conférence des doyens des facultés de médecine, le groupe avance comme proposition « d'évaluer la recherche clinique, la labelliser et la faire reconnaître dans l'université ». « Pas toujours bien visible », cette recherche clinique « est en fait un enjeu majeur » pour les CHU et pour les universités « qui y engagent leurs personnels et donc leurs moyens ».
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Valérie Pécresse, ministre de l'Enseignement supérieur et de la Recherche, présente les priorités de la SNRI (SNRI), mercredi 8 juillet 2009. Il s'agit de la synthèse des conclusions rendues en mars 2009 par les neuf groupes de travail, composés de personnalités issues de la recherche publique et privée, et de la consultation ouverte sur internet (200 contributions recueillies) (AEF n°302998).
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"L'originalité du CHU tient à sa triple mission de soin, d'enseignement et de recherche. Elle doit être préservée", écrit l'Académie nationale de médecine dans ses recommandations sur l'évolution des CHU, adoptées mardi 17 février 2009. Pour l'Académie, cette triple mission doit être confiée "statutairement" à une "équipe de spécialité médicale", chaque membre de l'équipe étant préparé à chacune des trois activités. Cependant, "autant [ce] principe doit être rigoureux, autant son exécution doit être souple". Les recommandations de l'Académie interviennent alors que Nicolas Sarkozy a installé, le 9 janvier 2009, la commission Marescaux qui a pour mission de proposer un nouveau modèle pour les CHU et dont les conclusions sont attendues en mars (L'AEF n°308940 et n°302569).
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Une réflexion est en cours à l'Élysée sur la création d'un nouveau statut de PU-DR (professeur des universités-directeur de recherche) pour valoriser et financer autrement l'activité de recherche des PU-PH (professeurs des universités-praticiens hospitaliers). Cette "piste de réflexion", esquissée par Arnold Munnich, conseiller de Nicolas Sarkozy pour la recherche, est reçue de manière favorable par les dirigeants des CHU réunis lors des Assises nationales hospitalo-universitaires, à Lille jeudi 11 et vendredi 12 novembre 2008. Elle devrait être étudiée par la commission chargée d'imaginer un nouveau modèle de CHU, présidée par Jacques Marescaux (L'AEF n°308940).
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