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L'ensemble du projet de loi de finances pour 2011 est adopté par l'Assemblée nationale et le Sénat, mercredi 15 décembre 2010. Le crédit impôt recherche est finalement modifié et plusieurs évolutions en ressortent : le taux majoré pour les nouveaux déclarants du CIR, passe de 50 % à 40 % la première année et de 40 % à 35 % la deuxième année. Cette mesure doit permettre d'éviter les effets d'aubaine et d'économiser 100 millions d'euros. Les dépenses de fonctionnement ne sont plus fixées forfaitairement à 75 % des dépenses de personnel, mais à 50 %, tandis que les dotations aux amortissements sont prises en compte sur la base de 75 %. Les entreprises dépassant les 100 millions de dépenses éligibles au CIR devront fournir des justificatifs décrivant la nature des travaux scientifiques. Par voie de conséquence, l'amendement du Sénat consistant à supprimer la tranche de 5 % pour les entreprises dépassant le seuil des 100 millions d'euros n'a pas été conservé (AEF n°254964).
Les sénateurs adoptent, dans la nuit du 1er au 2 décembre 2010, l'article 78 réformant le dispositif d'exonération des cotisations sociales accordées aux jeunes entreprises innovantes, à 179 voix pour et 139 voix contre sur un total de 336 votants, pour 318 suffrages exprimés. « Supprimer l'article 78 ; prolonger le dispositif de jeune entreprise innovante au-delà de huit ans ; préserver le dispositif en l'aménageant dans un sens plus favorable aux finances publiques », tels sont les principaux amendements rejetés par les sénateurs lors de l'examen de l'article 78 du projet de loi de finances 2011. Sur sept amendements déposés, quatre ont été retirés et trois rejetés. Pour rappel, les députés avaient déjà rejeté les amendements tentant de préserver les avantages consentis aux jeunes entreprises innovantes (AEF n°255968).
Les sénateurs adoptent en séance publique les crédits de la Mires (mission interministérielle « recherche et enseignement supérieur ») à hauteur de 25,359 milliards d'euros en autorisations d'engagement et de 25,183 milliards d'euros en crédits de paiement, dans la nuit de mercredi 1er décembre à jeudi 2 décembre 2010. Sur proposition de Philippe Adnot (non inscrit, Aube), rapporteur spécial de la commission des Finances, 3,6 millions d'euros en autorisations d'engagement et crédits de paiement, dédié au soutien des CCSTI (centres de culture scientifique, technique et industrielle) sont transférés du programme 172 « recherches scientifiques et technologiques pluridisciplinaires » vers le programme 186 « recherche culturelle et culture scientifique ».
« Supprimer l'article 78 du projet de loi sur la réforme du dispositif d'exonération de cotisations sociales accordée aux JEI (jeunes entreprises innovantes) ; repousser à la cinquième année le principe de dégressivité initialement fixé par l'article à partir de la quatrième année ; maintenir le dispositif existant pour les jeunes entreprises innovantes déjà entrée dans le dispositif [lancé en 2004] ». Tels sont les principaux amendements rejetés par les députés, dans la nuit de mardi à mercredi 10 novembre 2010, lors de l'examen de l'article 78 du projet de loi de finances 2011. Cet article prévoit la modification du statut de JEI, et notamment « une diminution progressive des exonérations au cours de la vie de l'entreprise en instaurant une dégressivité entre la quatrième et la septième année suivant la création de l'établissement » (AEF n°258416).
La commission des finances de l'Assemblée nationale a adopté, mardi 26 octobre 2010, un amendement du député UMP (Aveyron), Yves Censi, transférant, dans le cadre du PLF 2011, 3,7 M€ (millions d'euros) en AE et en CP du programme 187 « recherche dans le domaine de la gestion des milieux et des ressources » (action « recherches scientifiques et technologiques sur les systèmes de production et de transformation associés ») vers le programme 142 « enseignement supérieur et recherche agricoles » (action « recherche, développement et transfert de technologie »). C'est le seul amendement adopté par les députés sur le volet « recherche » du PLF 2011 pour la Mires qui a été examiné par la commission élargie - autrement dit ouverte à tous les députés (AEF n°259235) - toute la matinée du 26 octobre. Dans la foulée, les commissions (finances, affaires économiques, affaires culturelles et éducation, développement durable et aménagement du territoire) se sont réunies pour adopter les crédits 2011 de la Mires et les éventuels amendements.
« Conformément aux conclusions des états généraux de l'industrie, il est proposé de supprimer la limite de déduction applicable aux redevances de concession de brevets (…) entre entreprises liées » : telle est l'une des dispositions du projet de loi de finances pour 2011, présenté par François Baroin, ministre du Budget, des Comptes publics et de la Réforme de l'État, mercredi 29 septembre 2010 (AEF n°259401). Cette modification de la fiscalité des brevets rendrait « équivalent pour une société de concéder l'exploitation de son brevet à une filiale française ou à une filiale étrangère », explique le gouvernement.