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Une FCS comme « instance stratégique » de l'idex ; un PRES reconfiguré ayant un rôle d'opérateur unique pour toutes les actions de mutualisation et de coopération entre les établissements de la région Languedoc-Roussillon ; et un sénat académique ou conseil confédéral, « instance de représentation démocratique et collective » selon les termes d'Anne Fraïsse, présidente de Montpellier-III Paul-Valéry, commun aux deux entités de manière à « faire le lien entre le PRES et la fondation ». Tel est le projet de gouvernance de l'idex et du site de Montpellier présenté lors d'une conférence de presse, mardi 4 janvier 2011, par Philippe Augé, président de Montpellier-I, Danièle Hérin, présidente de Montpellier-II et Anne Fraïsse, présidente de Montpellier-III Paul-Valéry. Les trois universités annoncent également l'abandon de la fusion prévue pour 2012, au profit de la constitution d'une « université confédérale ». « Ce schéma, identique à celui de l'université de Californie, permet à chaque établissement de conserver son autonomie, ses spécificités et sa personnalité morale tout en étant représenté sous l'appellation Université Montpellier Sud de France, UMSF, comme l'actuel PRES », développe Danièle Hérin.
Les trois présidents d'université de Montpellier se disent « étonnés », dans le « Midi Libre » du 22 décembre 2010, de la décision de Christian Bourquin de suspendre les crédits du CPER tant qu'aucun accord n'est trouvé sur la gouvernance de l'idex (AEF n°252367). Interrogée par AEF, Dominique Deville de Périère, présidente du PRES Université Montpellier Sud de France, affirme que les présidents sont « sur le bon chemin pour trouver un accord ». Sollicités par AEF, Philippe Augé, président de Montpellier-I, Danièle Hérin, présidente de Montpellier-II et Anne Fraïsse, présidente de Montpellier-III Paul-Valéry ne souhaitent pour l'instant pas s'exprimer.
Le SNCS-FSU et le Snesup-FSU dénoncent, mercredi 22 décembre 2010, la « pression » et le « chantage » de la région Languedoc-Roussillon sur les personnels de l'enseignement supérieur et de la recherche. Christian Bourquin, président du conseil régional, vient de suspendre les crédits du CPER tant qu'aucun accord ne sera trouvé entre les présidents d'université de Montpellier sur la gouvernance de l'idex (AEF n°252367). Le SNTRS-CGT fait la même analyse et dénonce « l'ultimatum » et le « chantage financier » du conseil régional. Les trois syndicats rappellent par ailleurs leur opposition à l'idex dont les conséquences seraient « une augmentation de la précarité, une paupérisation croissante de nombreuses équipes et l'abandon de pans disciplinaires entiers » ainsi que la création d'une « gouvernance antidémocratique » (AEF n°253039).
Christian Bourquin, président (PS) du conseil régional Languedoc-Roussillon, décide de suspendre tous les crédits en faveur de l'enseignement supérieur et de la recherche inscrits au CPER 2007-2013, annonce-t-il, mardi 21 décembre 2010, lors d'une conférence de presse. Il entend ainsi inciter les présidents d'université de Montpellier à trouver un accord sur la gouvernance de l'idex. Cette suspension a été votée par 57 voix pour, 10 contre (FN), lors de l'assemblée plénière du 22 décembre. Le volet enseignement supérieur et recherche représente 20 % du montant total du CPER. Christian Bourquin indique également réserver sa position sur la participation de la collectivité à l'opération campus. La région s'est engagée à investir un euros pour deux euros de l'État, soit 162 M€. « Nous n'investirons pas là où nous ne nous sentons pas accueillis », explique-t-il.
« Deux des trois conditions sont remplies pour que mon université revienne [dans les négociations sur le projet d'idex] », déclare Anne Fraïsse à AEF lundi 6 décembre 2010. Depuis le retrait de Montpellier-III Paul-Valéry des négociations sur le projet d'initiative d'excellence (AEF n°255339), les rencontres se multiplient avec les universités Montpellier-I et Montpellier-II mais aussi avec le ministère de l'Enseignement supérieur et de la Recherche. La réunion de vendredi 4 décembre 2010 entre Valérie Pécresse, les trois présidents d'université et du PRES Université Montpellier Sud de France (UMSF) ainsi que le recteur de Montpellier, a permis de dégager de nouvelles pistes de réflexion sur la gouvernance de l'idex (AEF n°253940), une gouvernance qui devra être « solide pour le portage du projet », rapporte le rectorat. Dominique Deville de Périère, présidente du PRES, annonce qu'une équipe du ministère de l'Enseignement supérieur et de la Recherche et des membres du cabinet de Valérie Pécresse viendront jeudi 9 décembre 2010 à Montpellier pour « aider les présidents à finaliser » le projet de gouvernance.
Valérie Pécresse, ministre de l'Enseignement supérieur et de la Recherche, appelle à « la responsabilité des présidents d'université » de Montpellier et à « la sauvegarde de l'intérêt collectif du site », rapporte Christian Philip, recteur de l'académie de Montpellier, à la suite de la réunion organisée vendredi 3 décembre 2010 à Paris, sur la politique du site montpelliérain. Cette rencontre intervient après l'annonce, le 17 novembre 2010, d'Anne Fraïsse, présidente de Montpellier-III Paul-Valéry, de se retirer des négociations sur l'idex (initiative d'excellence) (AEF n°255339). La ministre souhaite que les acteurs aboutissent à un accord « fin décembre 2010 », indique le recteur. La date limite de réponse à l'appel à projets sur les initiatives d'excellence est fixée au 4 janvier 2011 (AEF n°255217).
« Aujourd'hui, il devient urgent pour les présidents des trois universités de Montpellier de s'engager réellement dans le processus de fusion », déclare Christian Philip, recteur de l'académie de Montpellier, lors d'une conférence de presse vendredi 24 septembre 2010. « Force est de constater qu'on avance doucement sur la fusion des trois universités montpelliéraines », regrette-t-il. « S'ils ne sont pas capables de tenir la date du 1er janvier 2012, voire du 1er janvier 2013, et qu'ils estiment que la fusion doit prendre plus de temps, il faut un PRES fort et certainement régional. Aujourd'hui, le PRES Université Montpellier Sud de France (UMSF) est une coquille vide », poursuit-il. Les deux missions du PRES UMSF sont de réaliser la fusion des trois universités montpelliéraines et de mettre en oeuvre le dossier de l'Opération campus (AEF n°320572). Christian Philip estime que « d'ici décembre 2010, il faut monter un projet qui tienne la route et que les établissements prennent des engagements démontrant de leur volonté sur la fusion, au travers de l'initiative d'excellence ». « Les présidents disent qu'ils souhaitent la fusion, je souhaite qu'ils tiennent leur engagement. »