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« L'initiative d'excellence doit permettre de mettre en musique et de faire fonctionner opérationnellement le nouveau modèle d'université que le PRES a défini en 2008 », répond à AEF Manuel Tunon de Lara, nouveau président du PRES bordelais (AEF n°250976), jeudi 13 janvier 2010, précisant que la dotation demandée dans le dossier déposé s'élève à un milliard d'euros (575 millions hors labex). Le périmètre de l'idex bordelaise reste conforme au projet de structuration du site esquissé lors de la réponse à l'opération campus, si ce n'est qu'il s'articule autour de 8 pôles d'excellence scientifique au lieu de 11, chaque pôle déclinant un laboratoire d'excellence et « au moins un projet de formation de master et/ou une école doctorale d'envergure internationale », indique Manuel Tunon de Lara, rappelant que sept des neuf écoles doctorales du site bordelais ont été notées A ou A+ par l'Aeres.
Manuel Tunon de Lara, nouveau président de l'Université de Bordeaux depuis mardi 11 janvier 2011, promet de faire évoluer le PRES bordelais vers un PRES aquitain et de mettre fin cette année au principe de présidence tournante défini à la création du pôle en 2007 pour évoluer vers une « gouvernance resserrée ». « Je m'engage à modifier rapidement les statuts du PRES afin qu'un président puisse venir porter ces projets majeurs [opération campus, pilotage des investissements d'avenir…] sans les laisser dépendre de cette rotation par intérim », déclare-t-il dans un communiqué du 12 janvier 2011. L'Université de Bordeaux envisage désormais son périmètre d'action dans une « dimension régionale, voire transfrontalière », ce qui permettra d'accueillir l'UPPA (Université de Pau et des pays de l'Adour) comme membre fondateur ainsi que d'autres membres associés et de développer les relations déjà étroites avec l'université du pays basque. « Le nouveau PRES serait alors la structure idoine pour proposer un schéma directeur de l'enseignement supérieur et de la recherche en Aquitaine », précise le communiqué.
Les conseils d'administration de cinq des sept membres fondateurs du PRES de Bordeaux, soit ceux des universités Bordeaux-I, Bordeaux-II et Bordeaux-IV ainsi que ceux de Sciences Po Bordeaux et de l'IPB (Institut polytechnique de Bordeaux), se sont prononcés favorablement (1) pour signer un contrat unique avec le ministère de l'Enseignement supérieur et de la Recherche, préfigurant la constitution d'un établissement unique Université de Bordeaux d'ici la fin du prochain contrat quinquennal, soit au plus tard d'ici à 2015-2016. L'organisation et la gouvernance de cette nouvelle entité seront définies au cours du prochain contrat mais un protocole d'accord prévoit déjà un certain nombre de principes visant à respecter les spécificités des différents domaines de formation et de recherche. D'après la copie de ce document mise en ligne par le président de Bordeaux-I Alain Boudou, le nouvel établissement intégrerait la représentation des organismes de recherche afin de définir une stratégie scientifique partagée.
« Des scénarios proposés par l'IGAENR, l'Université de Bordeaux ne retient ni le PRES renforcé, ni la fusion. Nous souhaitons garder la spécificité de Sciences po et de l'IPB [Institut polytechnique de Bordeaux] et ne pas refaire des 'écoles article 33' et c'est le grand établissement qui répond le mieux à cet objectif mais à condition de l'aménager », précise Manuel Tunon de Lara à AEF à deux mois de l'échéance de l'appel à projets « initiative d'excellence ». Mais si tous les acteurs s'accordent à penser que le PRES bordelais doit évoluer, certains attributs du grand établissement, comme la possibilité de sélectionner les étudiants ou de fixer les droits d'inscription, suscitent encore des craintes localement, a reconnu le président de l'université Victor-Segalen Bordeaux-II, lors d'un entretien avec AEF le 23 septembre 2010.