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La région Rhône-Alpes a adopté sa SRESRI (stratégie régionale pour l'enseignement supérieur, la recherche et l'innovation), qui fixe les orientations pour la période 2011-2015, par un vote de l'assemblée plénière le 25 février 2011. La collectivité affiche entre autres priorités « le développement équilibré du territoire » et les conditions de vie des étudiants. Elle propose également l'organisation d'une « conférence régionale ». Au cours de la mandature 2004-2010, l'engagement financier de la collectivité pour l'enseignement supérieur et la recherche « a été de 777 millions d'euros, soit près de 40 % du budget hors compétences obligatoires de la collectivité », rappelle Jean-Jack Queyranne, président de la région, lors d'une présentation de la stratégie le 11 février 2011. Le schéma régional (SRESR) voté en 2005, « le premier en France », a permis la mise de place de 41 contrats pluri-annuels avec les établissements : « Le même nombre environ est prévu pour la SRESRI », affirme Thierry Philip, conseiller spécial à la recherche, à l'enseignement supérieur et aux formations sanitaires et sociales. Dans le budget 2011, 21 millions d'euros d'euros sont prévus pour cette contractualisation (AEF n°251074 et n°251071).
La région Rhône-Alpes va transformer ses quatorze clusters de recherche, créés fin 2004, en huit « communautés de recherche académique », indique la SRESRI (stratégie régionale pour l'enseignement supérieur, la recherche et l'innovation) 2011-2015, votée par l'assemblée plénière vendredi 25 février 2011 (AEF n°247097). « Nous voulons réorganiser les communautés de recherche sur les thématiques définies par l'Europe », explique Thierry Philip, conseiller spécial à la recherche, à l'enseignement supérieur et aux formations sanitaires et sociales. Selon l'élu, il faut redéfinir les périmètres actuels en prévision du prochain PCRD : « Les chercheurs doivent se mettre en réseau sur les orientations des appels d'offres européens, qui peuvent leur rapporter des millions d'euros. »
Le budget de la région Rhône-Alpes pour l'enseignement supérieur représente 47 millions d'euros en 2011 (contre 44,3 millions d'euros en 2010) : 20 millions en investissement et 27,5 millions en fonctionnement (contre 14,9 millions et 29,3 millions en 2009). Voté le 17 décembre 2010 en assemblée plénière, le budget 2011 de la collectivité s'établit au total à près de 2,420 milliards d'euros (2,448 milliards d'euros en 2010). La baisse des crédits de fonctionnement pour l'enseignement supérieur, de l'ordre de 1,8 million d'euros, était annoncée par Thierry Philip, conseiller spécial à la recherche et à l'enseignement supérieur (AEF n°272536), dans un entretien à AEF, le 22 septembre 2010 (AEF n°258987). Pour l'élu, la collectivité « fait le choix de préserver l'investissement », qui augmente de 5,1 millions d'euros par rapport à l'année précédente.
« Dans la discussion budgétaire inter-groupes, nous n'avons pas demandé à changer le budget, ou à baisser les propositions de Thierry Philip », le conseiller spécial à la recherche et à l'enseignement supérieur de la région Rhône-Alpes, déclare Eric Piolle, élu Europe Ecologie Les Verts, le 26 novembre 2010 à AEF. Le 9 septembre 2010, dans une note écrite, les Verts ont certes « mis en parallèle » le budget de l'enseignement supérieur et de la recherche prévu pour 2011, « en hausse par rapport à l'an dernier si l'on considère la somme du fonctionnement et des investissements, et le budget des lycées, qui lui relève des compétences de la Région, et qui est en baisse », explique Eric Piolle. « Mais pour l'instant, nous n'avons pas prévu d'amendement pour le budget de l'enseignement supérieur et de la recherche. »
« Les régions partagent une très grande inquiétude quant à la possibilité de continuer à soutenir la recherche, l'innovation et l'enseignement supérieur dans leurs territoires », déclare à AEF Roger Fougères, vice-président (PS) du conseil régional de Rhône-Alpes, délégué à l'enseignement supérieur et à la recherche. Cette crainte des régions de ne plus pouvoir soutenir l'innovation a été publiquement exprimée par des élus franciliens lors d'une rencontre organisée par les pôles de compétitivité d'Île-de-France sur « l'Europe des clusters », lundi 30 novembre 2009 (AEF n°280666). « Si demain la réforme des collectivités territoriales nous enlève la clause de compétence générale, elle privera la recherche et l'enseignement supérieur de 700 millions d'euros que leur apportent les régions chaque année, soit presque autant que les financements de l'ANR (Agence nationale de la recherche) », s'alarme Roger Fougères, par ailleurs président de la commission « enseignement supérieur, recherche et transfert de technologies » de l'ARF (Association des régions de France).