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« L'Aeres a effectué un travail important depuis sa création (…) et doit maintenant passer à une seconde étape, celle de l'amélioration », explique le directeur général de la santé, Didier Houssin, dont la nomination en qualité de président de l'Aeres est entérinée par un vote de l'Assemblée nationale et du Sénat, mercredi 4 mai 2011. Selon des informations recueillies par AEF, il obtient 38 votes sur 38 inscrits à la commission de l'Assemblée nationale et 9 votes sur 12 à celle du Sénat. Il s'exprime lors de son audition devant les députés de la commission des Affaires culturelles et de l'Éducation de l'Assemblée nationale. « Parmi les progrès possibles, l'Aeres doit accomplir ou perfectionner certaines missions. Il est prioritaire qu'elle valide les procédures d'évaluation des personnels », précise Didier Houssin, qui souligne que ce dossier n'a pas encore été ouvert par l'agence. « Il serait également utile de dégager, parmi les nombreuses notes A+, le 'presque parfait', car pourquoi se priver d'une analyse approfondie des meilleurs, pour mettre en valeur les bonnes pratiques ? », interroge Didier Houssin, qui estime aussi que l'Aeres doit « ouvrir des perspectives » en matière de collaborations entre universités et grandes écoles et universités et grands organismes.
Dans un communiqué du vendredi 8 avril 2011, la présidence de la République annonce que Nicolas Sarkozy « envisage de nommer Jean-François Dhainaut en qualité de président du Haut conseil des biotechnologies et Didier Houssin en qualité de président du conseil de l'Agence d'évaluation de la recherche et de l'enseignement supérieur. » Le communiqué précise que « le président de l'Assemblée nationale et le président du Sénat sont saisis de ces projets de nomination, afin que les commissions intéressées de chacune des assemblées se prononcent dans les conditions prévues par le cinquième alinéa de l'article 13 de la Constitution. »
AEF avait annoncé (AEF n°245433) le vendredi 18 mars 2011 le non-renouvellement du mandat de Jean-François Dhainaut à la présidence de l'Aeres et son remplacement possible par Didier Houssin, directeur général de la santé.
Jean-François Dhainaut, dont le mandat de président de l'Aeres prend fin dimanche 20 mars 2011, ne serait pas renouvelé dans ses fonctions et pourrait être remplacé par Didier Houssin, directeur général de la santé, d'après les informations recueillies par AEF. Jean-François Dhainaut est président de l'agence d'évaluation depuis le 12 juillet 2007 (AEF n°465382), après avoir succédé à Jean-Marc Monteil qui avait alors rejoint le cabinet du Premier ministre François Fillon (AEF n°467533). Pour être nommé président de cette autorité administrative indépendante, par décret du président de la République, Didier Houssin doit être préalablement auditionné par les commissions compétentes de l'Assemblée nationale et du Sénat.