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Le PRES Université de Toulouse doit « accélérer la montée en puissance de l'Université fédérale de Toulouse en définissant des modalités de gouvernance plus efficaces qui donneraient à son président les moyens d'une réelle politique exécutive », analyse l'Aeres dans son rapport d'évaluation daté de janvier 2011 et dont AEF s'est procuré une copie. « Le PRES s'était jusque là attaché à 'réunir, fédérer, dynamiser et impulser' et doit évoluer en réformant sa gouvernance et en entamant un vigoureux processus de renforcement de ses actions », note l'agence. L'élaboration du projet d'idex (initiative d'excellence) est un « pas significatif dans l'avancement de la réflexion et de la construction » sur trois chantiers : « l'attractivité internationale, la cohérence recherche-formation-innovation, l'émergence de nouvelles excellences et transversalité ».
« Toulouse fait clairement la course en tête des investissements d'avenir et de la réforme des universités », affirme Valérie Pécresse, vendredi 13 mai 2011, à l'occasion de sa visite à Toulouse (Haute-Garonne). « On sent bien que l'université toulousaine n'est plus la même et aujourd'hui, cet esprit d'équipe se manifeste par la réussite exceptionnelle de Toulouse au niveau des appels à projet des investissements d'avenir », poursuit la ministre de l'Enseignement supérieur et de la Recherche. Selon elle, les investissements d'avenir permettent de « rebattre les cartes entre Paris et l'Île-de-France et les universités situées en région », permettant ainsi une « très forte dynamique régionale ». « Je crois que je suis ici dans l'un des sites universitaires les plus dynamiques de France », déclare-t-elle. Elle félicite également les porteurs de projets toulousains d'avoir su mener des « rapprochements inédits » entre les établissements d'enseignement supérieur, les organismes de recherche, les industriels et les collectivités territoriales. Gilbert Casamatta, président du PRES Université de Toulouse, emploie la notion d'« écosystème de l'innovation ».
Le projet d'idex (initiative d'excellence) de Toulouse est « sérieux », « ambitieux » et « cohérent dans l'ensemble », « susceptible d'induire un effet transformant important », estime l'avis du jury des idex dont AEF s'est procuré une copie. Le projet, présélectionné lors de la première vague de l'appel à projets (AEF n°244866 et AEF n°244407), a pour point fort d'être « globalement équilibré » mais demande « un effort sur le plan d'exécution pour atteindre les objectifs de l'initiative d'excellence ». En revanche, l'évaluation relève comme point faible que l'articulation entre l'UFT (université fédérale de Toulouse) et l'idex « manque de clarté ».
« Notre initiative d'excellence s'appuie sur notre périmètre d'excellence actuel et a pour ambition de donner une impulsion forte à la dynamique de structuration et de développement de notre site », indique à AEF Gilbert Casamatta, président du PRES Université de Toulouse et de l'INP Toulouse, jeudi 6 janvier 2011. « Notre nouvelle organisation permettra à l'idex d'amplifier notre périmètre d'excellence actuel et de susciter un effet d'entraînement pour l'ensemble du site afin de créer un véritable éco-système de l'innovation. » Le périmètre d'excellente de l'idex se fait autour d'un cercle dessiné par les labex, ainsi que les deux RTRA (fondation STAE, aéronautique et espace et Toulouse school of economics) et du RTRS RITC (recherche innovation thérapeutique cancérologie) pour un montant de 1,275 milliard d'euros. L'idex est basée sur deux structures de gouvernance : un PRES reconfiguré sous forme d'EPCS baptisé « université fédérale de Toulouse » (UFT) et une FCS dénommée « Toulouse-idex ».
L'université Toulouse-I Capitole a voté, lundi 13 décembre 2010, le principe d'une adhésion à une « université fédérale » sur le site toulousain, avec une fondation de coopération scientifique y étant adossée pour gérer les fonds de l'idex, annonce à AEF Bruno Sire, président de Toulouse-I Capitole, mardi 14 décembre. « Le mandat du CA donné au président a été très clair : oui sur le principe, mais attention de ne pas casser un modèle qui marche », poursuit-il. Selon lui, il existe un « consensus » sur cette question au sein du bureau du PRES et la plupart des autres établissement toulousains « sont d'accord sur ce principe ». Les conseils d'administration de l'Insa Toulouse et de l'INP Toulouse ont également voté le principe d'adhésion à une université fédérale.