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« Les partenaires fondateurs de la FCS (Fondation de coopération scientifique) Campus Paris-Saclay s'engagent à créer, au plus tard en 2014, une 'Université Paris-Saclay' de classe mondiale », peut-on lire dans la version du second projet d'initiative d'excellence de la fondation présentée au CA de l'université Paris-Sud XI du 13 septembre 2011, et qu'AEF s'est procurée. « D'une nature nouvelle dans le paysage français, l'université de Paris-Saclay a pour ambition d'être reconnue à terme parmi les dix meilleures universités mondiales, tant pour la qualité de sa recherche que celle de ses formations et de sa démarche d'innovation », est-il aussi écrit dans ce texte, qui doit être déposé le 20 septembre. Le projet prévoit ainsi de « passer du stade actuel de collaborations projet par projet à celui de l'élaboration et de la mise en œuvre de stratégies communes et intégrées sur l'ensemble des dimensions du triangle de la connaissance » (formation, recherche, innovation).
L'université Paris-Sud (Paris-XI) est le principal établissement de rattachement des chercheurs et enseignants-chercheurs produisants dans des unités de recherche notées A+ et A sur le site de Saclay, selon les chiffres de l'Aeres compilés dans le document « Strater Île-de-France 2011 » et publié par le ministère de l'Enseignement supérieur et de la Recherche cet été. En effet, sur les 4 360 chercheurs et enseignants-chercheurs produisants dans des unités notées A et A+ répertoriés dans les effectifs des 23 membres de la FCS « Campus Paris-Saclay », 2 000 sont rattachés à l'université Paris-Sud, soit 45,9 %. Viennent ensuite l'université de Versailles-Saint-Quentin, avec 425 produisants (9,7 % de l'ensemble) et l'École polytechnique, avec 371 produisants (8,5 %).
Une simulation de classement effectuée par l'ARWU, l'organisme chinois auteur du classement de Shanghai, et prenant en compte les PRES français fait apparaître que le campus Paris-Saclay (1) se placerait au 19e rang mondial s'il était considéré comme un seul et même établissement. Dans le véritable palmarès de Shanghai 2011, la première université française, Paris-Sud XI, se classe 40e (AEF n°234629). Le PRES PSL (Paris Sciences Lettres) Étoile se classerait 30e, devant Sorbonne Universités, 33e, et Université Paris Cité, 43e. Deux autres PRES arriveraient dans les 150 premiers mondiaux (Université de Grenoble et Université de Lyon) tandis que les PRES Université de Toulouse et Université Montpellier Sud-de-France seraient dans les 200 premiers. Cette simulation a été réalisée cet été avec l'appui de l'OST (Observatoire des sciences et techniques), qui a fourni à l'ARWU les mots-clés à utiliser pour les repérages des publications ainsi que la composition exacte des divers regroupements, indique à AEF Ghislaine Filliatreau, directrice de l'OST.
« Force est aujourd'hui de constater que les évolutions en cours [sur le campus de Saclay] n'avancent pas au rythme escompté. Les difficultés récemment survenues indiquent à l'évidence qu'un sursaut est nécessaire qui engage la responsabilité de tous les acteurs. » C'est ce qu'écrit François Fillon, dans une lettre de mission datée du 6 avril 2011, adressée à Jean-Marc Monteil, ancien chargé de mission du Premier ministre et aujourd'hui professeur au Cnam (AEF n°256019). Le Premier ministre lui confie en effet « une mission temporaire pour la finalisation du projet Saclay ». « Il s'agira en six mois et selon les méthodes que vous jugerez les plus appropriées de mettre les acteurs en situation de finaliser leur projet scientifique, de clarifier les besoins d'aménagement du site et de définir une programmation des opérations compatibles avec les moyens apportés par l'État et les collectivités territoriales. En particulier cette dynamique doit permettre au projet Saclay de bénéficier pleinement des opportunités offertes par le programme d'investissements d'avenir. »