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Le congrès de l'université de Toulouse-Le Mirail, le conseil de la faculté des sciences et de l'ingénieur de l'université Toulouse-III Paul-Sabatier, ainsi qu'une intersyndicale regroupant la CGT, le Sgen-CFDT, le SNCS-FSU, le Snasub-FSU, le Snesup-FSU et SUD-Solidaire ont adopté une motion ou ont lancé une pétition dans laquelle ils indiquent « refuser tout calendrier précipité d'un éventuel vote de la convention entre le PRES Université de Toulouse et l'État sur le projet d'idex (initiative d'excellence) Toulouse-Uniti » et demandent « une large consultation des personnels ». Les syndicats souhaitent également une information « large et complète sur les enjeux de la fusion » prévue dans le projet d'idex.
Le Premier ministre François Fillon annonce, mardi 13 mars 2012, le montant des dotations non consomptibles, c'est-à-dire « qui produiront des intérêts », aux cinq lauréats de la seconde vague des initiatives d'excellence (AEF n°222327) : les projet « A*Midex », porté par Aix-Marseille université, et « Uniti », porté par l'Université de Toulouse, recevront chacun 750 millions d'euros ; le projet « USPC », porté par l'Université Sorbonne Paris Cité, sera doté de 800 millions d'euros ; le projet « Super », porté par Sorbonne université, obtient 900 millions d'euros ; enfin, le projet « Idex Paris-Saclay », porté par la FCS Campus Paris-Saclay, recevra 950 millions d'euros.
Le projet d'idex (initiative d'excellence) doit être conduit selon un « double calendrier » qui combine la mise en place des instances de gouvernance et la conduite d'un « travail d'appropriation du sujet par les acteurs », affirme Gilbert Casamatta, président du PRES Université de Toulouse, à l'occasion d'une conférence de presse, vendredi 3 février 2012. Le projet Uniti de l'Université de Toulouse fait partie des cinq projets lauréats de la deuxième vague des idex sélectionnés par le jury (AEF n°222327 et AEF n°222207). Gilbert Casamatta annonce que l'année 2012 sera consacrée à la mise en place des outils de gouvernance et que la « nouvelle gouvernance sera opérationnelle en 2013 ». Alors que la fusion des établissements membres de l'Université de Toulouse est prévue en 2018, le président du PRES situe le « point d'équilibre intéressant » en 2016, date qui correspond à la fin des contrats quinquennaux des établissements ce qui permettra la négociation d'un contrat quinquennal unique. Le projet toulousain demande une dotation en capitale d'1,34 milliard d'euros.
« Le dossier et la présentation orale démontrent la capacité du site à atteindre les objectifs de l'idex dans quatre ans. » Telle est l' « appréciation globale » portée par le jury des idex (initiatives d'excellence) sur le projet Uniti du PRES de Toulouse, qui fait partie des cinq nouveaux projets sélectionnés le 3 février 2012 pour la deuxième vague des idex (AEF n°222207 et n°222327). Sur les douze notes attribuées au projet, Uniti obtient neuf A (contre trois lors de la présélection de l'idex 2), et trois B (contre sept) (AEF n°233084).
Selon les informations recueillies par AEF, les projets d'idex portés par le PRES université de Grenoble et par l'université de Lorraine n'ont reçu aucun vote positif de la part du jury international des initiatives d'excellence présidé par Jean-Marc Rapp. Sorbonne Université a recueilli l'unanimité des suffrages. Le projet PNMU (Paris novi mundi université) porté par le PRES Hesam a manqué d'une voix la sélection à la majorité des deux tiers.
« Les résultats de la deuxième vague des idex semblent se confirmer. Nous sommes donc très heureux, mais nous n'avons fait que 10 % du travail », commente à AEF, jeudi 2 février 2012, Gilbert Casamatta, président du PRES Université de Toulouse. Il réagit aux résultats annoncés par AEF, jeudi 2 février 2012 (AEF n°222327) : Toulouse ferait partie des cinq projets lauréats de la deuxième vague des idex sélectionnés par le jury, avec Sorbonne Universités (AEF n°230748), Sorbonne Paris-Cité (AEF n°228566), Saclay (AEF n°228569) et Aix-Marseille (AEF n°228129). Ils rejoignent les trois projets sélectionnés lors de la première vague (AEF n°237041) : PSL (AEF n°223075), Bordeaux (AEF n°225274) et Strasbourg (AEF n°222735).
Sorbonne Universités (AEF n°230748), Sorbonne Paris-Cité (AEF n°228566), Saclay (AEF n°228569), Toulouse (AEF n°225487) et Aix-Marseille (AEF n°228129) seraient les cinq projets lauréats de la deuxième vague des idex (initiatives d'excellence) sélectionnés par le jury, selon les informations recueillies par AEF jeudi 2 février 2012. Les projets d'Hesam (AEF n°228290), Lyon (AEF n°226078), Grenoble (AEF n°225399) et de l'université de Lorraine (AEF n°228014) n'auraient donc pas été retenus par le jury, avant la réunion du comité de pilotage qui se tient aujourd'hui à Matignon.