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Jacques Bahi est élu président de l'université de Franche-Comté, jeudi 5 avril 2012, dès le premier tour, recueillant 18 des 22 voix des membres du conseil d'administration. Benoît Pigé recueille de son côté une voix. Jacques Bahi, professeur des universités de classe exceptionnelle en informatique, succède à la tête de l'université à Claude Condé qui, à l'issue de deux mandats, quitte l'UFC pour l'Agence universitaire de la francophonie (AEF n°218718).
La liste « L'avenir de notre université se décide aujourd'hui. Construisons-le ensemble », conduite par Jacques Bahi, actuel vice-président en charge du conseil scientifique et candidat à la présidence de l'université, obtient douze sièges enseignants (collèges A et B) sur 14 au conseil d'administration, à l'issue des élections qui se sont déroulées le 27 mars 2012 à l'université de Franche-Comté. La liste « Rassembler pour l'avenir de l'université », conduite par Oussama Barakat, actuellement vice-président en charge du Cevu (conseil des études et de la vie universitaire), obtient deux sièges dans ces mêmes collèges. Le président, qui succédera à Claude Condé (AEF n°218718), sera désigné au cours du conseil d'administration qui doit se tenir le 5 avril 2012. Oussama Barakat, tête de la liste « Rassembler pour l'avenir de l'université », déclare ne pas savoir s'il se portera candidat.
« Il faut achever de détruire l'ancien système si l'on veut rivaliser avec les universités européennes. Valérie Pécresse a avancé, mais nous n'y sommes pas encore. Il est temps de faire de vraies universités pluridisciplinaires. Pour avoir été six ans à la tête de l'UFC, je vois bien que la différence entre la faculté de médecine et celle de sciences est colossale », déclare à AEF Claude Condé, président de l'UFC (université de Franche-Comté) jusqu'au 6 avril prochain (AEF n°218718). À l'occasion de son départ, et avant de rejoindre son nouveau poste de directeur de l'AUF (Agence universitaire de la francophonie) à Bruxelles (AEF n°218718), il revient sur les chantiers et les réformes qui ont marqué ses deux mandats à la tête de l'UFC, au premier rang desquels la construction du PRES Bourgogne Franche-Comté. « Le vrai projet, aujourd'hui, serait pour moi de construire l'université que nous n'avons pas eue pendant deux siècles. »
« Si l'État reconnaît le projet d'idex (initiative d'excellence), d'une manière ou d'une autre, les collectivités territoriales confirmeront leur engagement, tel qu'elles l'avaient annoncé lors du dépôt du dossier », déclare à AEF François Patriat, président du conseil régional de Bourgogne, mercredi 21 mars 2012. « En cas de rattrapage, la Franche-Comté se rangera aux côtés de la Bourgogne », abonde de son côté Patrick Bontemps, le vice-président du conseil régional de Franche-Comté en charge de l'enseignement supérieur et de la recherche, précisant avoir d'ores et déjà prévu 20 millions d'euros supplémentaires, sur quatre ans, pour accompagner les projets retenus dans le cadre du PIA (programme d'investissements d'avenir). Dans un courrier d'avril 2011 révélé mardi 20 mars 2012 par AEF, le jury des idex demandait à l'État de « prévoir ultérieurement un cadre adéquat pour récompenser comme elles le mériteraient » les initiatives de Bourgogne-Franche Comté et Lorraine, qualifiées de « remarquables mais trop loin du niveau 'mondial' » (AEF n°218729). Sophie Béjean, présidente du PRES Bourgogne Franche-Comté, « espère que le ministère mettra en place une sorte de label pour les initiatives prometteuses comme la [leur] ».
Claude Condé quitte la présidence de l'UFC (université de Franche-Comté), à l'issue de deux mandats maximum réglementaires, pour prendre le poste de directeur de l'AUF (Agence universitaire de la francophonie) à Bruxelles (Belgique). Il prendra officiellement ses fonctions au lendemain de la désignation du nouveau président de l'UFC par le conseil d'administration, programmée le 5 avril 2012. Claude Condé était depuis quatre ans, au sein de l'AUF, représentant de la CPU.
Le conseil régional de Franche-Comté consacrera 17,2 millions d'euros en 2012 pour l'enseignement supérieur et la recherche contre 18,6 millions en 2011, selon le budget adopté jeudi 15 décembre 2011. Les crédits réservés à l'enseignement supérieur, hors recherche, sont en baisse. Ils passent de 12,58 millions d'euros au BP (budget primitif) 2011 à 11,36 millions d'euros au BP 2012. Le budget global en 2012, adopté jeudi 15 décembre 2011, s'élève à 499,7 millions d'euros (en hausse de 1,4 %).
Le deuxième forum du PRES Bourgogne Franche-Comté, vendredi 25 novembre 2011 à Besançon, marque « un moment historique » où l'uB (université de Bourgogne), l'UFC (université de Franche-Comté), l'ENSMM (École nationale supérieure de mécanique et des microtechniques) et AgroSup ont exprimé « la volonté non contredite de s'acheminer vers la construction d'un grand établissement », déclare à AEF Claude Condé, le président de l'UFC et le président de l'université fédérale (aujourd'hui organisée en association loi 1901, une association de préfiguration de la future université). Plus de trois cents personnes ont participé à cette journée de travail consacrée au devenir de l'université fédérale qui s'organisera « sur un principe de subsidiarité » respectant « la spécificité des écoles et des universités et leur ancrage territorial », commente Sophie Béjean, la présidente de l'uB et du PRES.