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Pérenniser et stimuler les dépenses de R&D de toutes les entreprises, accroître l'attractivité de la France en R&D et augmenter la capacité d'innovation et la compétitivité des entreprises : tels sont les trois objectifs de la réforme de 2008 du crédit impôt recherche. Cette mesure d'ampleur simplifie et amplifie le CIR dont le montant est passé de 1,4 milliard d'euros au titre de 2006 à environ 4 milliards au titre de 2008. La simplification supprime la part du crédit d'impôt calculée selon l'accroissement en volume des dépenses de R&D, ainsi que le plafond du crédit fixé auparavant à 16 millions d'euros. À partir de l'année 2008, le CIR est ainsi basé uniquement sur le volume de R&D déclaré par les entreprises. Désormais, il est égal à 30 % des dépenses jusqu'à 100 millions d'euros de dépenses de R&D, et à 5 % au-delà. Si le CIR est un dispositif globalement jugé comme étant efficace, des voix s'élèvent pour demander la réorientation du dispositif vers les PME.
C'est devant le Parlement, réuni en congrès à Versailles (Yvelines) le 22 juin 2009, que le président de la République Nicolas Sarkozy lance une réflexion sur les « priorités nationales » et « la mise en place d'un emprunt pour les financer » (AEF n°295980). L'objectif consiste à « rattraper [les] retards d'investissements » et à « préparer au mieux l'avenir de la France ». Précisée à l'automne 2009 par les travaux d'une commission coprésidée par les anciens Premiers ministres Alain Juppé et Michel Rocard (AEF n°289618), l'idée se concrétise, après les arbitrages présidentiels en décembre 2009 (AEF n°279711) et la nomination de René Ricol au poste de commissaire général à l'investissement en janvier 2010 (AEF n°277026), par l'adoption d'une loi de finances rectificative en février 2010, qui permet le lancement d'un emprunt national pour financer un programme d'investissements d'avenir et prévoit la répartition des fonds selon les priorités retenues (AEF n°274783). La recherche et l'enseignement supérieur en sont les premiers bénéficiaires, avec 22 milliards d'euros qui leur sont réservés sur un total de 35 milliards d'euros empruntés. Ce montant est équivalent, à trois milliards près, au budget annuel de la Mires (mission interministérielle « recherche et enseignement supérieur »), qui était en 2010 de 24,7 milliards d'euros en crédits de paiement.
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« Il ne faut pas supprimer le FUI (fonds unique interministériel), un dispositif qui a montré toute son efficacité. Certes, nous savons que la politique des pôles de compétitivité n'est pas menacée en tant que telle mais il reste un certain nombre de points sur lesquels personne n'a de réponse en ce qui concerne la phase 3 des pôles. » C'est ce que déclare à AEF, Isabelle Scarabin, directrice des affaires économiques et internationales du pôle de compétitivité Lyonbiopôle, dédié à la lutte contre les maladies infectieuses humaines et animales et les cancers, vendredi 6 avril 2012. Elle propose un retour d'expérience de l'audit du pôle, effectué par les 9 et 10 février 2012 par le consortium Erdyn, Bearing Point et Technopolis (AEF n°228819) dans le cadre de l'évaluation de la deuxième phase des pôles. « À l'occasion des journées nationales des pôles, nous avons été avertis que les crédits alloués au FUI risquaient de diminuer. L'efficience de ce dispositif dépend de l'excellence scientifique et industrielle des pôles », poursuit Isabelle Scarabin.
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« Le crédit d'impôt recherche est un outil utile, mais il faut reconnaître que dans certains domaines, il est détourné à des fins d'optimisation fiscale », déclare Alain Claeys, député PS de la Vienne et maire de Poitiers, en charge de l'enseignement supérieur dans l'équipe de campagne de François Hollande (AEF n°227704), lors d'un débat organisé par AEF dans le cadre des RUE 2012 (rencontres universités-entreprises), jeudi 15 mars 2012. « Il y a deux ajustements à apporter au CIR », résume-t-il : « supprimer les foyers d'optimisation fiscale et réorienter le mécanisme en direction des PME ». En effet, selon lui, le CIR concerne à 70 % des PME, mais en termes de sommes mobilisées, pour les PME, cela « représente tout juste 40 % ».
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« Une industrie sans innovation, c'est une industrie qui est vouée, de toute façon, à disparaître. C'est la raison pour laquelle nous avons pris une décision stratégique, il y a cinq ans, très critiquée à l'époque, aujourd'hui plébiscitée quasiment par tout le monde : nous avons triplé le crédit impôt recherche et, de cette manière, nous avons placé notre pays au meilleur niveau dans les pays développés en matière de financement de la recherche. » C'est ce que déclare le Premier ministre François Fillon, vendredi 9 mars à l'Isle-d'Abeau, dans l'Isère (Rhône-Alpes). « Cette mesure a été décisive ; personne, d'ailleurs, ne la remet en cause aujourd'hui, sauf pour dire qu'il faudrait la réserver aux seules PME (petites et moyennes entreprises), ce qui est absurde parce que la dynamique industrielle est tirée par les grands groupes comme par les plus petits », assure-t-il.
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En 2010, les pôles de compétitivité regroupent 8 038 établissements d'entreprises contre 7 104 en 2009 (AEF n°245672). C'est ce qu'indique le dernier « tableau de bord statistique des pôles de compétitivité » (données 2010), publié en mars 2012 par la DGCIS (direction générale de la compétitivité, de l'industrie et des services) du ministère de l'Économie, des Finances et de l'Industrie. Le nombre d'établissements d'entreprises se répartit comme suit : 4 317 sont indépendants alors que 3 721 sont contrôlés par un groupe (dont 2 853 par un groupe français, 548 par un groupe européen et 320 par un groupe hors Europe). Au total, « les établissements d'entreprises membres des pôles rassemblent 739 859 salariés, dont 252 995 cadres », détaille l'étude de la DGCIS. Sur la question du financement public de projets collaboratifs de R&D, l'étude de la DGCIS fait observer que le FUI (fonds unique interministériel) a contribué à hauteur de 193 millions d'euros en 2006, 239 millions d'euros en 2007, 256 millions d'euros en 2008, 216 millions d'euros en 2009 et 158 millions d'euros en 2010.
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