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Marie-France Barthet est élue présidente du PRES Université de Toulouse par le conseil d'administration de l'établissement le 21 juin 2012, pour un mandat de deux ans, renouvelable une fois, prenant ainsi la succession de l'administrateur provisoire Gilbert Casamatta. Elle en était jusqu'alors la directrice exécutive, depuis quatre ans. Marie-France Barthet était la seule candidate déclarée. « Le choix de Marie-France Barthet est un exercice de responsabilité des membres du PRES », déclare Jean-Michel Minovez, président de l'université Toulouse-II Le-Mirail, lors d'une conférence de presse le 22 juin 2012, à l'issue du premier bureau du PRES avec Marie-France Barthet en tant que présidente. « Nous avons tous pour objectif de permettre au PRES de fonctionner et de se consolider, en particulier dans le processus de concertation pour la révision de l'idex qui est actuellement en cours (AEF n°213917). Cela ne pouvait se faire dans le cadre d'une administration provisoire. »
« J'étais le défenseur du projet pour l'idex Uniti, qui a gagné (AEF n°221430) ; ce n'est pas à moi de le piloter », déclare le 20 juin 2012 Gilbert Casamatta, administrateur provisoire du PRES Université de Toulouse depuis le 9 avril 2012 (AEF n°217368). Le CA du PRES du 21 juin 2012 a mis à l'ordre du jour l'élection d'un président : Gilbert Casamatta annonce qu'il ne se représentera pas. « Monter un projet et l'implémenter, ce n'est pas le même travail. J'aurais dû arrêter en avril, je me suis laissé convaincre de continuer en tant qu'administrateur provisoire car nous imaginions une période transitoire courte. Force est de constater qu'il y a actuellement une réelle pause par rapport à ce projet. Il faut accepter qu'il y ait un travail de fond sur le site », explique Gilbert Casamatta.