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« Seules 10 % des écoles doctorales sont exemplaires » en matière de suivi et d'insertion des docteurs. C'est ce que relève l'Aeres (Agence d'évaluation de la recherche et de l'enseignement supérieur) dans son rapport d'activité pour 2011, adopté par le conseil de l'agence en mai 2012 et rendu public mardi 3 juillet 2012. Pour la vague B, l'agence a évalué 72 écoles doctorales regroupant plus de 20 000 doctorants, soit près de 30 % des effectifs nationaux, réparties sur 14 académies et 30 établissements. Or pour la moitié d'entre elles, « les experts mentionnent de réelles difficultés et regrettent un manque de données exploitables » sur le devenir professionnel des docteurs. Selon les experts, rapporte l'agence, « ce critère est étroitement lié au volontarisme de la direction [de l'école] et à la qualité du soutien administratif ». Le rapport ajoute que « la faiblesse du suivi est couramment associée à un taux d'abandon élevé, notamment dans le secteur SHS (sciences humaines et sociales) ».
« Le site de Montpellier-Perpignan présente seulement 36 % d'écoles notées A+/A contre 64 % évaluées B/C », note l'Aeres (Agence d'évaluation de la recherche et de l'enseignement supérieur) dans la « synthèse des évaluations des écoles doctorales réalisées en 2009-2010 dans le cadre de la vague A de contractualisation 2011-2014 », rendue publique mardi 28 juin 2011. « Ce point peut en partie s'expliquer par les faiblesses relevées sur le suivi et l'insertion des doctorants », précise l'agence, pour qui cette exception mise à part, « la répartition des notations (…) est relativement homogène » pour les autres sites de la vague, à savoir Bordeaux-Pau (82 % de A+ et de A), Toulouse (93 %), Lyon-Saint-Étienne (86 %) et Grenoble-Chambéry (79 %).
Les écoles doctorales de la « vague D » qui relèvent des domaines des sciences de la vie et des sciences humaines et sociales ont « de très gros progrès à faire » en matière de suivi et d'insertion professionnelle de leurs doctorants, note l'Aeres qui met en ligne la synthèse de ces évaluations, mercredi 19 mai 2010. Les 74 écoles doctorales des établissements de la « vague D » (2010-2013) se concentrent pour l'essentiel en Île-de-France (66 écoles) ; six écoles sont dans la région Nord-Pas-de-Calais et deux sont en Outre-mer (Antilles-Guyane et Réunion). Leur répartition par disciplines est la suivante : 21 écoles en sciences dures, 15 en sciences de la vie et 38 en sciences humaines et sociales.
« Tout le monde s'accorde à dire que le doctorat est le diplôme identitaire de l'université. Mais quelle est l'identité des PRES ? », s'interroge Francis Godard, président de l'université Paris-Est Marne-la-Vallée, en introduction à un atelier sur les « écoles doctorales et PRES » lors du colloque annuel de la CPU à Nancy, jeudi 1er avril 2010 (AEF n°272178). « En matière de doctorat, il n'y a pas de PRES type », constate-t-il. « Certains regroupent uniquement des EPSCP qui délivrent le doctorat, d'autres regroupent des établissements qui ne sont pas tous habilités à le délivrer. Il n'en reste pas moins que les PRES ont tous comme point commun de base une mission de coordination des activités des écoles doctorales et qu'à leur initiative se met en place une politique de formation doctorale commune. »
L'Aeres souligne le « rôle structurant » des écoles doctorales de la vague contractuelle C (académies de Strasbourg, Nancy-Metz, une partie de l'Île-de-France) mais pointe « l'insuffisance des moyens en personnels et en locaux » à leur disposition. L'agence a mis en ligne la synthèse de l'évaluation des 72 ED (écoles doctorales) de la vague C, effectuée en mai et juin 2008 par des comités d'experts, qui se sont rendus sur place.
Les écoles doctorales éprouvent une "grande difficulté" à "exister vraiment", mais ont un "rôle indéniablement et réellement structurant" sur "le paysage universitaire d'un site". Tels sont les deux constats que dresse l'AERES, dans sa "synthèse de l'évaluation des écoles doctorales de la vague B", mise en ligne sur le site Internet fin janvier 2008. Il fait suite à l'évaluation des 71 écoles doctorales de la vague B, réalisée entre mi-septembre et début décembre 2007. L'agence publie d'ailleurs dans le même temps sur son site un document effectuant un "retour d'expérience des comités de visite des écoles doctorales".