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Les salariés de l'EM Lyon « regrettent un manque de communication ou un manque de transparence, tant sur les questions de gestion que sur les projets de l'école », relève la CRC (chambre régionale des comptes) de Rhône-Alpes, dans un rapport portant sur les exercices 2004-2005 à 2009-2010 de l'établissement, daté de juin 2012. La CRC recommande « une attention accrue sur ce sujet, à un moment où l'école s'engage sur des axes stratégiques forts qu'il lui faut absolument partager avec l'ensemble de son personnel ». Le contrôle de la chambre s'inscrit dans le cadre d'une enquête nationale menée par la Cour des comptes et les CRC sur les écoles de commerce dépendant des CCI. Philippe Courtier, directeur général d'EM Lyon depuis juillet 2012 (AEF n°217942), « ne souhaite pas communiquer sur le rapport de la CRC tant que le conseil d'administration d'EM Lyon n'aura pas délibéré dessus, lors du CA du 27 septembre 2012 », précise l'établissement à AEF.
« J'ai décidé en décembre dernier que j'allais passer la main. Je voulais l'annoncer à la faculté (1) en juin, mais les inquiétudes de ces derniers jours m'ont amené à le dire aux professeurs avant », déclare Patrick Molle, directeur général d'EM Lyon, à AEF, mardi 10 mai 2011. « En août 2012, je partirai vers d'autres horizons, et d'ici là, un processus de succession sera mis en place. La CCI de Lyon est d'accord. J'ai envie de faire autre chose après quinze ans à la direction générale de cette école, mais je ne veux pas partir trop vite sous prétexte que j'ai des opportunités intéressantes, car il y a beaucoup de projets en cours, que ce soit en Chine, sur la formation continue, sur la fondation ou sur le projet Yin yang avec Centrale Lyon (AEF n°249078). » Cette annonce intervient environ un mois après un vote organisé par le collège des professeurs de l'EM Lyon remettant en cause à une forte majorité la stratégie de Patrick Molle ainsi que le processus de nomination du futur doyen.
Selon l'École centrale de Lyon, « la logique territoriale créée par le PRES correspondait à celle établie par le plan campus » avec deux principaux campus sur les sites de la Doua et Gerland-Berges du Rhône : la crainte de l'établissement résidait « dans le fait que cette logique de concentration occulte l'existence et le développement du campus de l'ECL sur Ecully », relève la chambre régionale des comptes de Rhône-Alpes, dans un rapport sur la gestion de l'école d'ingénieurs de 2006 à 2009. Ce contrôle s'inscrit dans le cadre de l'enquête nationale menée par la Cour des comptes et les chambres régionales, sur les « regroupements et les coopérations dans l'enseignement supérieur », notamment les PRES (AEF n°247930). Le directeur de l'ECL Patrick Bourgin estime aujourd'hui « que cette crainte est totalement dissipée par l'adoption du schéma de développement universitaire du Grand Lyon (AEF n° 257020), qui donne toute sa place au campus Lyon Ouest Ecully », indique-t-il à AEF.
Patrick Bourgin, directeur de l'école Centrale Lyon, et Patrick Molle, directeur général de l'EM Lyon, annoncent à AEF le lancement de leur école commune « Idea » (Innovation, design, entrepreneuriat et arts) à la rentrée 2012, avec l'ouverture de deux licences conçues en partenariat avec l'université Lyon-I Claude Bernard, d'un bachelor et d'un master. Un doctorat en « innovation et entrepreneuriat » sera quant à lui lancé « un peu plus tard », ainsi qu'une école de formation continue qui proposera des programmes diplômants et non-diplômants. « Ce projet participe de la logique de rapprochement dans laquelle se sont engagées nos deux écoles depuis 2008 (AEF n°272427 et n°286474 ) », souligne Patrick Bourgin, évoquant un dispositif « de type Air France-KLM » pour l'EM et Centrale. La structure qui chapeautera l'école Idea « devrait prendre la forme d'une fondation de coopération scientifique », précisent aussi les deux directeurs, qui travaillent pour l'heure sur une association de préfiguration.
La communauté d'agglomération du Grand Lyon a voté un « schéma de développement universitaire » (SDU), en partenariat avec le PRES Université de Lyon, le 25 octobre 2010. La collectivité propose un programme d'investissements de 25 millions d'euros de 2011 à 2014, pour les six campus définis dans le schéma.