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« À l'heure actuelle, nous ne disposons pas d'indications sur les orientations qui seront prises par le gouvernement », concède Jean-Marc Bournigal, président d'Irstea (Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture), dans un entretien accordé à AEF le 9 juillet 2012. « La ministre [de l'Enseignement supérieur et de la Recherche] Geneviève Fioraso entend plaider auprès de Bercy la nécessité de préserver les secteurs de l'enseignement supérieur et de la recherche. Nous espérons que nos établissements se trouveront relativement protégés des mesures d'économie demandées aux administrations et aux opérateurs de l'État, mais très franchement, aujourd'hui, nous n'en savons rien. » Nommé à la présidence de l'institut le 26 mars 2012 (AEF n°218318), Jean-Marc Bournigal annonce l'actualisation du plan stratégique d'Irstea ainsi que la négociation du nouveau contrat d'objectifs en 2013, précédée d'une évaluation par l'Aeres (Agence d'évaluation de la recherche et de l'enseignement supérieur). Il revient aussi sur la « véritable difficulté » que constitue un budget comportant 30 % de ressources propres : « Nous en arrivons au point où il nous faut trouver un nouvel équilibre du modèle économique et social », analyse-t-il.
« Les trois syndicats représentatifs des personnels » de l'Irstea (Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture) « voient surtout des motifs d'inquiétude et des menaces sur l'avenir de l'établissement et de ses missions » dans la parution, le 14 février 2012, du décret réformant le Cemagref et changeant son nom en Irstea (AEF n°221337), indiquent-ils lundi 20 février 2012. Sud Recherche EPST, FO et la CGT expliquent que « du point de vue des personnels, le décret n'apporte aucune avancée positive de nature à conforter l'institut en tant qu'opérateur de recherche et lui donner des perspectives d'avenir, mais qu'il risque au contraire de signer sa disparition » et traduit « un affaiblissement qui se poursuit ». Les syndicats font ainsi valoir que bien que le décret soit « censé prendre en compte (…) l'importance prise par les recherches dans le domaine de l'environnement » au sein de l'organisme, « le ministère en charge de l'Environnement ne devient pas co-tutelle ». « Un nouveau nom et tous les efforts de communication ne réussiront pas à masquer la situation critique de l'établissement, sa fragilité structurelle et l'absence de soutien de l'État. »
Le « Journal officiel » daté de mardi 14 février 2012 publie un « décret relatif à l'Irstea (Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture) », qui procède à la « modification de la dénomination, des missions et de la gouvernance de l'établissement ». Ce texte officialise notamment le changement de nom annoncé le 30 novembre 2011, à l'occasion d'un forum organisé pour les 30 ans de l'organisme (AEF n°227320). L'ancien nom de Cemagref (Centre national du machinisme agricole, du génie rural, des eaux et des forêts) « ne reflétait plus, après trente ans d'existence (…), la nature de son activité », explique l'introduction du décret. Le texte « vise à mettre en cohérence le texte fondateur du Cemagref avec les évolutions et modifications survenues depuis sa rédaction initiale », précise l'organisme de recherche. Ainsi, « la description de ses missions est actualisée et rend plus visible leur dimension environnementale ». Par ailleurs, le décret prévoit que l'institut soit « doté d'un dirigeant unique assurant à la fois la présidence du conseil d'administration et la direction générale de l'établissement. Ce dirigeant sera assisté d'un ou de plusieurs directeurs généraux délégués, selon le schéma désormais majoritaire dans les établissements publics à caractère scientifique et technologique. »