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« J'ai hérité d'une situation juridique très compliquée sur les orientations nationales sur la trame verte et bleue, avec des décrets qui ne correspondent pas à la loi votée, et donc des difficultés juridiques soulevées par la Conseil d'État », affirme Delphine Batho, ministre de l'Écologie, du Développement durable et de l'Énergie, mercredi 25 juillet 2012. Elle était auditionnée pour la deuxième fois par la commission du développement durable de l'Assemblée nationale. Ainsi la composition du comité national trames verte et bleue « n'est pas conforme à la loi » : « Même s'il y avait un parfait consensus pour renforcer cette commission avec des parlementaires, des représentants de l'État, ce n'était pas écrit dans l'article de la loi. » « J'ai donc décidé de demander au Conseil constitutionnel de 'délégaliser' cette partie de la loi, pour pouvoir prendre un décret parfaitement correct qui permette de valider les orientations nationales élaborées par le comité national trames verte et bleue » (AEF Habitat et Urbanisme n°230132)
La ministre du Développement durable a installé, mardi 18 octobre 2011, le comité national « trames verte et bleue », créé par le décret n°2011-738 du 29 juin 2011. Il est présidé par Jérôme Bignon, député (UMP) de la Somme (et à ce titre président de la commission du groupe d'études sur la chasse et les territoires de l'Assemblée nationale), mais aussi président du Conservatoire du littoral et de l'Agence des aires marines protégées. Deux vice-présidents ont également été nommés : le président de l'Assemblée permanente des chambres d'agriculture et le président de FNE (France nature environnement). Ce comité est présenté par Nathalie Kosciusko-Morizet comme « le lieu de synthèse, d'information, de consultation et d'élaboration nationale » de la trame verte et bleue.
Le projet de décret modifiant les Scot (schémas de cohérence territoriale) et les PLU (plans locaux d'urbanisme) « ne contient ni les mots 'trame verte et bleue', ni 'continuités biologiques' », critique Maxime Paquin, chargé de mission sur la nature et la biodiversité pour FNE (France nature environnement), jeudi 31 mars 2011. La fédération environnementale demande au ministère d'y remédier avant la publication au Journal officiel du décret, qui avait été mis en consultation par le ministère du Développement durable jusqu'au 1er mars. En application de la loi Grenelle II, il vise à renforcer le caractère prescriptif des Scot et prévoit des « objectifs environnementaux renforcés » pour les PLU (AEF Habitat et Urbanisme n°248560). Maxime Paquin revient pour AEF Habitat et Urbanisme sur la construction de la TVB (trame verte et bleue), et sur ses interactions avec les questions d'urbanisme.
Le deuxième chapitre du titre IV (biodiversité) de la loi Grenelle II crée la TVB (trame verte et bleue). Il comprend les articles 45 et 46. La trame est constituée, selon la loi Grenelle I, « des espaces protégés en application du droit de l'environnement et des territoires assurant leur connexion et le fonctionnement global de la biodiversité » en ce qui concerne la trame verte, et « son équivalent pour les eaux de surfaces continentales et leurs écosystèmes associés » pour la trame bleue. Les discussions parlementaires ont principalement porté sur le degré d'opposabilité de cette trame aux documents d'urbanisme et aux infrastructures linéaires de l'État (routes, autoroutes, lignes ferroviaires, etc.).
La trame verte et bleue n'atteindra son objectif de préservation de la biodiversité « que si les documents qui les concernent sont rendus opposables à tous les autres documents d'urbanisme et à toutes les décisions publiques d'investissement, voire privées », conclut le Conseil d'État dans son rapport public 2010 consacré à « l'eau et son droit », présenté vendredi 4 juin 2010. Il intervient ainsi dans le débat du projet de loi Grenelle II, dont la commission mixte paritaire (sept députés et sept sénateurs) doit se réunir le 16 juin prochain pour finaliser le texte. En l'état actuel, les articles 45 et 46 prévoient une opposabilité de la trame aux infrastructures de l'État (lignes à grande vitesse, autoroutes, etc.), mais pas aux documents d'urbanisme, les députés estimant qu'elle entraînerait une « mise sous tutelle » des collectivités (AEF Habitat et Urbanisme n°269350).