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Le conseil d'administration de l'université Toulouse-I Capitole se prononce contre le protocole d'accord de l'idex mardi 23 octobre 2012, par 22 voix contre, une pour et trois abstentions. Le CA adopte la motion « défavorable » en exprimant de « très vives réserves » votées la veille par le conseil scientifique de l'université. Dans cette motion, le CS « constate que le projet de protocole qui lui est soumis est trop éloigné du projet qu'il avait soutenu » et « souligne la perte de crédit que pourrait avoir le site si une telle volte-face était entérinée ». La motion met en cause le mode de gouvernance, « très peu lisible au regard du précédent », et « l'abandon des programmes-phares qui avaient fait le succès du projet labellisé » (AEF n°205401). « Maintenant, nous demandons un arbitrage du CGI (Commissariat général à l'investissement). C'est le CGI qui nous dira jusqu'où on peut aller dans les modifications. Nous souhaitons aussi nous prononcer sur le 'document delta' qui reprend le texte du projet labellisé avec toutes les modifications précisées », explique à AEF Bruno Sire, président de l'université Toulouse-I Capitole, le 23 octobre.
« Le processus de concertation sur l'idex de Toulouse Uniti avance et nous respectons le calendrier prévu (AEF n°213917). Nous sommes d'accord sur les points structurants, avec notamment une vision commune d'une université de Toulouse fédérale », déclare à AEF Marie-France Barthet, présidente du PRES Université de Toulouse (AEF n°212044), le 24 septembre 2012. Depuis le mois de juin, deux groupes de travail sont en place, l'un sur la gouvernance, l'autre sur les programmes financés par l'idex. Ils ont tenu leurs dernières réunions les 25 et 26 septembre 2012, avant la rédaction du protocole d'accord. Un « point d'étape très officiel » est prévu avec le MESR et le CGI le 10 octobre 2012, indique Marie-France Barthet. Les CA des établissements toulousains pourront ensuite se réunir avant le 31 octobre, date de signature prévue du protocole à l'occasion du CA du PRES. Sur décision du MESR et du CGI, un « avis simple » sera alors demandé à Jean-Marc Rapp, président du jury des idex (AEF n°251379), « afin de vérifier que nous sommes toujours dans la lignée du projet labellisé », précise Marie-France Barthet. Enfin, la convention attributive devra être signée « avant le 31 décembre 2012 », date imposée par le MESR et le CGI.
« Je considère qu'il y a actuellement un déni de démocratie sur le site de Toulouse », affirme à AEF Bruno Sire, président de l'université Toulouse-I Capitole. Vendredi 1er juin 2012 s'est tenue la première réunion du comité de pilotage mis en place par le PRES pour répondre à la demande des nouveaux présidents des universités toulousaines de revoir le dossier idex (AEF n°213917). Bruno Sire, qui a toujours soutenu le dossier Uniti, se dit « aujourd'hui très pessimiste quant au fait de parvenir à mettre en œuvre ce projet magnifique ».
Le « processus de révision de l'idex », selon les termes du PRES Université de Toulouse, est enclenché, avec une méthodologie et un calendrier précis, validé par le PRES au cours de la semaine du 21 mai 2012. Un comité de pilotage est mis en place, « avec l'objectif que chaque établissement s'exprime », précise Gilbert Casamatta, administrateur provisoire du PRES. Plusieurs phases sont définies, de la consultation des établissements à la validation finale par le conseil d'administration du PRES, pour l'instant prévue fin octobre 2012. Les grandes lignes du processus avaient été annoncées par Jean-Michel Minovez et Bertrand Monthubert, respectivement présidents nouvellement élus de l'université Toulouse-II Le Mirail et Toulouse-III Paul-Sabatier, devant leurs communautés universitaires les jours précédents.
« Nous ne remettons pas en question la construction d'une université de Toulouse dans les années à venir mais la question est de savoir quel est son objectif et son mode de fonctionnement », expliquent, lors d'une conférence de presse commune, jeudi 3 mai 2012, Jean-Michel Minovez, nouveau président de l'université Toulouse-II Le Mirail (AEF n°216111), Bertrand Monthubert, futur président de Toulouse-III Paul-Sabatier (l'élection est prévue le 9 mai 2012 - AEF n°218100) et Olivier Simonin, nouveau président de l'INP Toulouse (AEF n°217594). Le modèle de gouvernance de l'idex (initiative d'excellence), qualifié d' « inacceptable » par Jean-Michel Minovez, et le périmètre d'excellence, qualifié de « périmètre d'exclusion » par Bertrand Monthubert sont les deux critiques principales que les trois présidents font au projet Uniti. Ils considèrent que les résultats obtenus aux élections universitaires leur donnent mandat pour « remettre de la démocratie » dans le projet d'idex.
« On peut garder le projet Uniti de l'idex en l'ajustant à la marge, pour en faire quelque chose qui recueille l'adhésion d'une majorité des acteurs du site toulousain. Les verrous actuels ne demandent pas que l'on revoie tout », déclare Olivier Simonin, nouveau président de l'INP de Toulouse (AEF n°217594), lors d'un point presse mardi 24 avril 2012 visant à expliquer la position de son établissement dans la perspective de la future Université de Toulouse. « Apporter des ajustements à la marge ne signifie pas que c'est anodin, mais simplement que cela ne remet pas en cause globalement le projet qui a gagné », précise Olivier Simonin. Il désire « réformer le projet sans le casser ». « Repartir de zéro n'aurait pas de sens », affirme-t-il. « Le projet Uniti a été déposé par une équipe projet. Maintenant, il faut convaincre les établissements qu'il faut le suivre. »