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« Nous espérons que la convention attributive sera signée le plus vite possible, selon les principes des idex qui ont fait que certains sites ont été retenus et d'autres pas. Il était normal qu'il y ait des ajustements, une appropriation par les acteurs du site. Je crois constater aujourd'hui que les différents points de vue convergent de façon très positive », déclare Louis Gallois, commissaire général à l'investissement. Il s'exprime lors d'un point presse à la préfecture de Toulouse le 15 novembre 2012, à l'issue d'une réunion sur les investissements d'avenir avec les acteurs locaux. Il ajoute que « le MESR et le CGI ne souhaitent pas interférer dans les débats », tout en approuvant l'importance de « la participation de tous les établissements » (AEF n°203840). Il rappelle que l'idex exige « de l'excellence et une capacité d'entraînement » et que « c'est ce dosage qui est actuellement évoqué » sur le site. Louis Gallois se dit « plus optimiste qu'il y a quelques semaines ». Il confirme que « l'université fédérale de Toulouse » bénéficiera d'un milliard d'euros consommables et de 750 millions d'euros de non-consommables « dès lors que les conventions de l'idex et de l'IRT seront signées ».
Les 26 membres du conseil d'administration du PRES Université de Toulouse adoptent le protocole d'accord de l'idex « à l'unanimité, avec deux abstentions », indique Marie-France Barthet, présidente du PRES, à l'issue du CA, mercredi 31 octobre 2012. Bruno Sire et Corinne Mascala, respectivement président et vice-présidente du CA de l'université Toulouse-I Capitole, se sont abstenus. Le 23 octobre, le conseil d'administration de Toulouse-I Capitole avait refusé de voter son soutien au protocole (AEF n°203840). « J'ai senti que nos arguments étaient entendus et qu'il n'y avait pas de volonté d'exclusion à notre égard ; nous nous sommes simplement abstenus afin de donner un signal d'ouverture. Mais attention, l'absention n'est pas un vote 'pour' », confie Bruno Sire à AEF le 31 octobre. Pour Marie-France Barthet, « c'est la validation d'une première étape importante, avant la rédaction de la convention attributive, et sa signature », prévue au CA du PRES le 21 décembre 2012. Le conseil régional, le conseil général, la communauté urbaine Toulouse Métropole et la ville de Toulouse étaient présents au CA. « Nous avons tous dit à Bruno Sire que les divergences ne nous semblaient pas si importantes et que nous souhaitons clairement une unité du site », explique à AEF Nicole Belloubet, première vice-présidente du conseil régional Midi-Pyrénées en charge de l'éducation, de l'enseignement supérieur et de la recherche, le 31 octobre 2012.
Le conseil d'administration de l'université Toulouse-I Capitole se prononce contre le protocole d'accord de l'idex mardi 23 octobre 2012, par 22 voix contre, une pour et trois abstentions. Le CA adopte la motion « défavorable » en exprimant de « très vives réserves » votées la veille par le conseil scientifique de l'université. Dans cette motion, le CS « constate que le projet de protocole qui lui est soumis est trop éloigné du projet qu'il avait soutenu » et « souligne la perte de crédit que pourrait avoir le site si une telle volte-face était entérinée ». La motion met en cause le mode de gouvernance, « très peu lisible au regard du précédent », et « l'abandon des programmes-phares qui avaient fait le succès du projet labellisé » (AEF n°205401). « Maintenant, nous demandons un arbitrage du CGI (Commissariat général à l'investissement). C'est le CGI qui nous dira jusqu'où on peut aller dans les modifications. Nous souhaitons aussi nous prononcer sur le 'document delta' qui reprend le texte du projet labellisé avec toutes les modifications précisées », explique à AEF Bruno Sire, président de l'université Toulouse-I Capitole, le 23 octobre.
« Le processus de concertation sur l'idex de Toulouse Uniti avance et nous respectons le calendrier prévu (AEF n°213917). Nous sommes d'accord sur les points structurants, avec notamment une vision commune d'une université de Toulouse fédérale », déclare à AEF Marie-France Barthet, présidente du PRES Université de Toulouse (AEF n°212044), le 24 septembre 2012. Depuis le mois de juin, deux groupes de travail sont en place, l'un sur la gouvernance, l'autre sur les programmes financés par l'idex. Ils ont tenu leurs dernières réunions les 25 et 26 septembre 2012, avant la rédaction du protocole d'accord. Un « point d'étape très officiel » est prévu avec le MESR et le CGI le 10 octobre 2012, indique Marie-France Barthet. Les CA des établissements toulousains pourront ensuite se réunir avant le 31 octobre, date de signature prévue du protocole à l'occasion du CA du PRES. Sur décision du MESR et du CGI, un « avis simple » sera alors demandé à Jean-Marc Rapp, président du jury des idex (AEF n°251379), « afin de vérifier que nous sommes toujours dans la lignée du projet labellisé », précise Marie-France Barthet. Enfin, la convention attributive devra être signée « avant le 31 décembre 2012 », date imposée par le MESR et le CGI.
Le SNCS-FSU et le syndicat Sud-Recherche EPST ont déposé mercredi 27 juin 2012 un « recours gracieux » contre la convention de pré-financement de l'idex Uniti, portée par le PRES Université de Toulouse. Le document, envoyé à la ministre de l'Enseignement supérieur et de la Recherche et à la nouvelle présidente du PRES de Toulouse, formule deux demandes : la « communication de toutes les pièces justificatives de la convention de préfinancement signée entre l'État et le PRES Université de Toulouse fin avril ou début mai 2012 » et « l'annulation de la convention de pré-financement signée entre l'État et le PRES ». Interrogée par AEF mercredi 4 juin 2012, Marie-France Barthet, élue présidente du PRES de Toulouse le 21 juin, indique que l'établissement entend « se réunir avec les deux syndicats afin de discuter de leurs vraies demandes et de leur présenter les évolutions qui seront mises en oeuvre ». Selon elle, « cette réunion doit avoir lieu en juillet ».
« Je considère qu'il y a actuellement un déni de démocratie sur le site de Toulouse », affirme à AEF Bruno Sire, président de l'université Toulouse-I Capitole. Vendredi 1er juin 2012 s'est tenue la première réunion du comité de pilotage mis en place par le PRES pour répondre à la demande des nouveaux présidents des universités toulousaines de revoir le dossier idex (AEF n°213917). Bruno Sire, qui a toujours soutenu le dossier Uniti, se dit « aujourd'hui très pessimiste quant au fait de parvenir à mettre en œuvre ce projet magnifique ».