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La FNSEA et les JA (Jeunes Agriculteurs) lancent une pétition adressée au Premier ministre, aux ministres de l'Agriculture et de l'Écologie, et aux présidents de l'Assemblée nationale et du Sénat, pour dénoncer « une mise en œuvre » de la directive nitrates 91/676/CEE, qu'ils jugent « technocratique, incompréhensible et extrêmement coûteuse », annoncent-ils mardi 20 novembre 2012. Ils « s'opposent à un dispositif qui accablerait l'agriculture française et anéantirait l'élevage », selon eux, et demandent au gouvernement de « mettre en place un moratoire sur l'extension des zones vulnérables, dans l'attente d'une vraie étude scientifique, et de surseoir à la signature par les préfets coordonnateurs de bassin des arrêtés de délimitation ». Ils lui demandent également de « renvoyer au niveau régional la définition des calendriers d'épandage », « de revoir complètement sa copie sur le cadrage des cinquièmes programmes d'action directive nitrates », et « d'arrêter un plan en faveur de la compétitivité de l'élevage français ».
La Commission européenne indique, lundi 27 février 2012, qu'elle traduit la France devant la Cour de justice de l'Union européenne pour non respect de la directive nitrates (91/676/CEE), qui vise à « protéger la qualité de l'eau dans toute l'Europe en empêchant que les nitrates utilisés dans l'agriculture ne polluent les eaux souterraines et de surface et en favorisant le recours aux bonnes pratiques agricoles ». La Commission européenne reproche à la France de n'avoir pas désigné des zones de protection vulnérables à la pollution par les nitrates et lui demande de « désigner davantage de zones en élaborant des plans appropriés pour faire face au problème ». Elle pointe également le « manque de précision » et les « lacunes » de la législation et des programmes d'action : « Les périodes d'interdiction sont inappropriées et les restrictions concernant l'épandage des effluents d'élevage et des fertilisants sont insuffisantes. »
Les ministères de l'Écologie et de l'Agriculture organisent une consultation en ligne, du 21 décembre 2011 au 14 janvier 2012, sur deux projets de texte relatifs aux « mesures renforcées des programmes d'actions régionaux pour la protection des eaux contre la pollution par les nitrates d'origine agricole ». Le premier, un projet de décret, vise à modifier les dispositions du code de l'environnement transposant la directive nitrates en droit national, et précise le contenu des programmes d'actions régionaux. Le second, un projet d'arrêté interministériel, définit les modalités techniques de certaines mesures des programmes d'actions.
L'arrêté « relatif au programme d'action national à mettre en oeuvre dans les zones vulnérables afin de réduire la pollution des eaux par les nitrates d'origine agricole » est publié au Journal officiel du mercredi 21 décembre 2011. Il définit les mesures de ce programme, concernant « les capacités de stockage des effluents d'élevage, le stockage de certains effluents au champ, les périodes d'interdiction d'épandage des fertilisants azotés, la limitation de l'épandage des fertilisants afin de garantir l'équilibre de la fertilisation azotée, les modalités d'établissement du plan de fumure et du cahier d'enregistrement des pratiques, les modalités de calcul de la quantité maximale d'azote contenu dans les effluents d'élevage pouvant être épandue annuellement par chaque exploitation et les conditions d'épandage par rapport au cours d'eau ».