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« Une page est aujourd'hui tournée dans les relations autrefois compliquées et parfois conflictuelles entre les universités et le CNRS, leur premier partenaire en matière de recherche. » C'est ce que déclare Alain Fuchs, président de l'organisme, dans le message de voeux qu'il adresse au personnel, daté du 1er janvier 2013. « La confiance qui s'est installée, et les premières réalisations concrètes d'un partenariat plus stratégique (comme par exemple la mise en place progressive de projets exploratoires pluridisciplinaires de sites, soutenus par une progression de 30 % du budget de la mission Interdisciplinarité en 2013), nous permettent maintenant de traiter sereinement la question qui est au coeur de la spécificité du modèle français d'organisation du système d'enseignement supérieur et de recherche : l'équilibre et l'articulation entre missions nationales et politiques territoriales de site. »
Le budget du CNRS pour 2013 s'élève à 3,415 milliards d'euros, en augmentation de 3,4 % par rapport à 2012. Les recettes de l'organisme proviennent aux trois quarts de la subvention de l'État qui, à hauteur de 2,613 milliards d'euros, augmente de 3 %, et pour un quart des ressources propres, qui sont en croissance de 4,7 % et atteignent 802 millions d'euros. « La hausse de la subvention pour charge de service public provient d'une part de 51,4 millions d'euros supplémentaires destinés à financer la progression des pensions civiles, et pour 24,7 millions d'euros d'un redéploiement de crédits à partir de l'ANR (Agence nationale de la recherche) », explique à AEF Xavier Inglebert, directeur général délégué aux ressources. Hors réserve de précaution (18,1 millions d'euros), les crédits de la subvention d'État se décomposent ainsi en 2,116 milliards d'euros dédiés à la masse salariale (+ 2,2 %) et 479 millions d'euros pour le FEI (fonctionnement, équipement, investissement). « Cette augmentation de 6,9 % des crédits disponibles FEI corrige les baisses que nous avions connues en 2011 et 2012 », précise Xavier Inglebert.
« Il faut que la volonté de pilotage jusque dans le détail soit remplacée par la confiance dans la collaboration des acteurs majeurs de la recherche publique que sont les universités et les organismes, et au premier chef, le CNRS. » Telle est la conclusion de la contribution commune que la direction du CNRS et le C3N (coordination des responsables des instances du Comité national de la recherche scientifique) remettent aux assises de l'enseignement supérieur et de la recherche. Datée du 17 novembre 2012 et rendue publique mardi 20 novembre 2012, cette contribution de sept pages est intégralement centrée sur la deuxième thématique des assises, à savoir « une nouvelle ambition pour la recherche ». Cette contribution commune complète les deux contributions séparées que la direction du CNRS et le C3N ont déjà remises aux assises, après leur audition par le comité de pilotage fin août (AEF n°207116 et n°207235).
« Les agents recrutés en contrat à durée déterminée sont devenus nombreux aujourd'hui. Le CNRS souhaite marquer son engagement à l'égard de ces personnes, dans un souci de responsabilité et d'accompagnement. » C'est ce qu'explique le préambule de la « charte sur les CDD » que l'organisme a adoptée le 11 octobre 2012, à l'issue d'un vote de son comité technique, et qu'Alain Fuchs, président du CNRS, adresse à l'ensemble des directeurs d'unités de recherche jeudi 25 octobre 2012. « Le CNRS considère qu'en tant qu'employeur, il a des devoirs envers ces agents qui lui apportent beaucoup », écrit-il dans le courrier accompagnant la charte. « Fondée sur l'idée de responsabilité, la charte fixe un certain nombre de principes et de règles à respecter », poursuit-il, précisant qu' « elle s'adresse particulièrement aux directeurs d'unités et responsables hiérarchiques ». « La charte se veut un document de référence pour eux et pour les agents en CDD », ajoute Alain Fuchs. « Elle réaffirme l'importance attachée par l'établissement à l'accompagnement, au conseil, au soutien de ces agents », « vise à leur assurer les meilleures conditions de travail et à les aider à préparer leur avenir professionnel ». Le président du CNRS souligne en conclusion de son courrier que « le CNRS souhaite partager cette démarche avec l'ensemble de ses partenaires ».
« Le CNRS devrait reverser à la Commission européenne un trop-perçu d'environ 9,6 millions d'euros sur la période 2002-2012 au titre du 6e PCRD. » Telle est l'annonce faite jeudi 25 octobre 2012 au conseil d'administration du CNRS, qui approuve cet « accord sur les reversements du CNRS à la Commission » par 16 voix pour et 3 abstentions, et autorise la direction du CNRS à le signer. « L'accord, intervenu au niveau des services opérationnels », doit ensuite être signé par la Commission européenne et le CNRS aura alors 45 jours pour s'acquitter des sommes dues. « Dans le cadre de son programme d'audit, la Commission européenne a procédé, en 2008, à des audits financiers au CNRS, principal bénéficiaire du programme de subventions pour la recherche de l'Union européenne », rappelle le CNRS qui précise que ces audits portaient sur le 6e PCRD. Dix-huit projets avaient alors été audités. La Commission avait extrapolé les résultats de ces contrôles à 884 projets (AEF n°296667) et réclamé 70 millions d'euros à l'organisme, premier bénéficiaire des fonds européens et qui bénéficie à ce titre de 40 millions d'euros par an.