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« Depuis 2006, l'administration fiscale opère entre 200 et 700 rectifications sur le crédit impôt recherche par an dans le cadre des vérifications de comptabilité, ce qui représente en moyenne 0,8 % du nombre total de ces dernières opérations (environ 48 000 entreprises vérifiées). » C'est ce qu'écrit Pierre Moscovici, ministre de l'Économie et des Finances dans une réponse adressée au député UMP de la Loire, Dino Cinieri, datée du 15 janvier 2013, qui l'interroge sur « les liens de causalité entre le crédit d'impôt recherche et les contrôles fiscaux, ainsi que sur les moyens qu' il entend mettre en oeuvre afin de stopper ce phénomène anti-productif ». « De nombreux chefs d'entreprises se sont félicités de la mise en oeuvre de ce dispositif ; pour autant, les sociétés ayant fait appel à ce dernier subissent apparemment des contrôles fiscaux d'une manière presque systématique », fait observer Dino Cinieri.
« Les contrôles se durcissent avec un examen de plus en plus approfondi des dossiers techniques », écrit le cabinet de conseil LowendalMasaï dans une étude intitulée « Réalité et perception du crédit impôt recherche par les entreprises », publiée jeudi 6 décembre 2012 (AEF n°225635). « Les éléments recueillis lors de l'enquête (1) montrent que les propositions de rectification présentées à l'issue des contrôles sont très fréquentes, puisque 30 % des entreprises contrôlées ont reçu une proposition de rectification », ajoute le cabinet. En outre, « le nombre de contrôles passe de 45 % à 57 %, alors que l'administration se contente d'une discussion orale dans seulement 13 % des cas contre 23 % en 2011 », poursuit LowendalMasaï. « Le durcissement des contrôles se matérialise par un plus grand nombre de projets dont l'éligibilité est examinée, puisque cela concerne maintenant 70 % des dossiers contre 51 % en 2011 », chiffre l'étude qui précise que « de plus en plus de dossiers sont remis en cause par l'administration avec 35 % de rectifications liées à une remise en cause de l'éligibilité des projets contre 27 % en 2011 ».
Les députés adoptent l'article 55 du projet de loi de finances pour 2013, prévoyant un « élargissement du CIR (crédit impôt recherche) à certaines dépenses d'innovation en faveur des PME », mercredi 14 novembre 2012 en séance publique. Cette nouvelle disposition, qui inclut également un « renforcement de la sécurité juridique du dispositif », est adoptée sans autres modifications que « rédactionnelles », tous les amendements présentés ayant été repoussés. Le coût de la mesure est estimé à 152 millions d'euros en 2013, avec une montée progressive jusqu'à 200 millions d'euros en « régime de croisière », à partir de 2018 (AEF n°205806). Le vote sur l'ensemble du projet de loi doit intervenir le 20 novembre à l'Assemblée nationale. Il doit être ensuite examiné par le Sénat.
« Fonder l'évaluation du crédit impôt recherche sur des indicateurs indiscutables et partagés, afin d'éviter une prolifération de faux chiffres autour du CIR. » C'est l'une des propositions de Franck Debauge, directeur associé d'Acies consulting group, présentée dans son étude intitulée « pour une amélioration qualitative du CIR », diffusée mercredi 7 novembre 2012. « Alors que de nombreux chiffres erronés circulent encore sur le CIR, une évaluation régulière et incontestable des effets du dispositif limiterait l'incertitude pour les différents acteurs de l'innovation », estime Franck Debauge. « Cette évaluation nécessiterait notamment : de clarifier les objectifs assignés au CIR ; de définir des indicateurs d'évaluation indiscutables et partagés par tous ; d'harmoniser les différentes bases de données statistiques existantes sur le CIR (Insee, ministère de l'Économie et des Finances, ministère de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche) », détaille-t-il.
« La dépense fiscale représentée par un éventuel crédit d'impôt innovation est élevée et ne peut en l'état pas être envisagée », assure l'IGF (Inspection générale des finances) dans un
un rapport sur « le soutien à l'économie numérique et à l'innovation » daté de janvier 2012 et publié le 26 octobre (AEF n°203432). « Outre cet obstacle, un éventuel CII (crédit impôt innovation) serait caractérisé par trois faiblesses principales », détaille l'IGF : premièrement, « la sécurité juridique du dispositif n'est pas assurée dans la mesure où la définition de l'innovation n'est pas stabilisée. À titre de comparaison, alors même que la définition de la R&D est stabilisée dans le manuel de Frascati, celle-ci donne toujours lieu à des interprétations que les instructions fiscales successives doivent régulièrement clarifier » ; deuxièmement, « il existe des effets d'aubaine potentiels élevés et peu prévisibles » ; et troisièmement, « l'assiette est potentiellement très dynamique ».