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Le deuxième scénario envisagé par le rapport Michel-Chevassus-au-Louis pour la future agence de la biodiversité, à savoir celui d'une agence d'animation et d'appui qui compterait quelque 1 000 agents et 150 millions d'euros de budget, est « le seul qui corresponde aux engagements du président de la République », affirme à AEF Christophe Aubel, directeur d'Humanité et Biodiversité (ex-Ligue Roc),vendredi 15 février 2013. Il réagit à la publication le même jour par AEF Développement durable des principaux éléments du rapport des deux préfigurateurs de l'agence de la biodiversité (AEF n°195657). « Ce rapport est bon. Nous comptons désormais sur la ministre de l'Écologie pour avoir l'ambition de le porter. Nous espérons que le chef de l'État se mobilisera comme il l'a fait le 14 septembre », poursuit le représentant associatif. Allain Bougrain Dubourg, président de la LPO, craint pour sa part « un fort lobbying » des structures concernées par la nouvelle agence, lors de l'examen de la loi cadre biodiversité par le Parlement.
Bernard Chevassus-au-Louis et Jean-Marc Michel, préfigurateurs de l'agence de la biodiversité, plaident pour un scénario « ambitieux » consistant à créer une « Agence française pour la biodiversité » d'environ 1 000 agents et un budget de 150 millions d'euros, selon leur rapport datant de février, que s'est procuré AEF Développement durable vendredi 15 février 2013. L'établissement pourrait englober une partie du personnel de l'ONCFS (Office national de la chasse et de la faune sauvage) et de l'Onema (Office national de l'eau et des milieux aquatiques), et être financée par une taxe additionnelle à la taxe sur le foncier bâti ou une redevance sur les infrastructures linéaires de transport. Le rapport doit être présenté au groupe ad hoc préfigurant le Conseil national de la transition écologique, mardi 19 février, puis à la commission du développement durable de l'Assemblée nationale le lendemain. L'agence de la biodiversité est l'une des principales annonces faites par le président de la République à l'ouverture de la conférence environnementale, le 14 septembre 2012. Elle doit être créée par la loi cadre sur la biodiversité qui doit être présentée courant 2013 en conseil des ministres.