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Le plafond des crédits 2014 de chaque mission sera baissé par rapport à ceux définis « l'été dernier » dans la loi de programmation des finances publiques, annonce Jean-Marc Ayrault, Premier ministre, dans une lettre de cadrage budgétaire adressé à chaque ministre, vendredi 8 mars 2013, en vue de la préparation du budget 2014. Il y affirme en effet la nécessité d' « identifier au total cinq milliards d'euros d'économies nouvelles l'an prochain ». Il demande ainsi à chaque membre du gouvernement de « contribuer à cet effort en recherchant des économies substantielles sur les programmes budgétaires dont [ils ont] la responsabilité. Cet effort portera principalement sur les dépenses hors masse salariale (…). Il se rapporte ainsi à une assiette d'environ 100 milliards d'euros, correspondant au budget général de l'État hors charges de la dette et de pensions, déduction faite des dépenses de personnel de l'État et de ses opérateurs. »
Le ministère de l'Enseignement supérieur et de la Recherche est soumis à un « surgel » de 250 millions d'euros, indique-t-il à AEF vendredi 22 février 2013, confirmant une information des « Échos » parue le jour même. Le quotidien rend publique la répartition par ministère de l'effort supplémentaire de gel de crédits de 2 milliards d'euros annoncés par le gouvernement en début d'année (AEF n°197931), qui s'ajoutent aux 6,5 milliards d'euros de gel de précaution décidés dans la loi de finances initiale.
« Le ministère de l'Enseignement supérieur et de la Recherche a pu dégager, en cette fin de gestion 2012, un montant exceptionnel de 18 millions d'euros destiné à soutenir les établissements d'enseignement supérieur ayant accédé à l'autonomie ». Tels sont les propos tenus par Geneviève Fioraso, dans un courrier adressé aux présidents d'université en début de semaine. Pour 2012, le ministère précise à AEF que 97 millions d'euros de crédits avaient été gelés sur le programme 150 « formations supérieures et recherche universitaire » de la Mires et que 88 millions d'euros ont été dégelés (soit 90 %), dont 18 millions en faveur de la masse salariale.
Les moyens des universités en 2013 augmentent globalement de 2,02 % (+197 millions d'euros) par rapport à 2012 (9,957 milliards d'euros, contre 9,760 milliards), la hausse allant de 1,67 % à 3,18 % selon les établissements. C'est ce qui ressort du document sur « la répartition des crédits aux universités » qui sera présenté au Cneser lundi 17 décembre 2012 et dont AEF a eu copie jeudi 13 décembre. Contrairement aux années précédentes, les moyens sont présentés de manière globale, incluant crédits de masse salariale (9 milliards) et crédits de fonctionnement (1 milliard), les crédits étant fongibles de manière asymétrique, depuis la masse salariale vers le fonctionnement uniquement. L'an passé, les moyens globaux avaient augmenté de 1,5 % par rapport à 2011 (AEF n°223737).
« Les annulations sur le programme recherche portent uniquement sur des crédits de paiement et sur des crédits gelés », indique à AEF le ministère de l'Enseignement supérieur et de la Recherche, mercredi 14 novembre 2012, après la présentation en conseil des ministres le même jour du troisième projet de loi de finances rectificative pour 2012. Ce projet prévoit deux mesures concernant la Mires (mission interministérielle « recherche et enseignement supérieur ») : une annulation de 170 millions d'euros de crédits dédiés à la recherche, touchant le programme 172 des « recherches scientifiques et technologiques pluridisciplinaires », et une ouverture de 146 millions d'euros de crédits au profit du programme 231 (vie étudiante) pour financer les bourses universitaires (AEF n°202330). La majeure partie des annulations en recherche, soit 141 millions d'euros, concerne des crédits de l'ANR (Agence nationale de la recherche) « placés en réserve de précaution ».
Le budget du ministère de l'Enseignement supérieur et de la Recherche augmentera en 2013 de 2,2 %, passant de 22,4 milliards d'euros à 22,9 milliards, annonce la ministre Geneviève Fioraso, vendredi 28 septembre 2012, date de présentation du PLF (projet de loi de finances) 2013 en conseil des ministres. « Nous ne faisons pas partie des trois ministères sanctuarisés par le président de la République [Éducation, Intérieur, Justice] mais au final, nous nous en sortons mieux qu'eux », se réjouit la ministre, précisant que l'Enseignement supérieur est le troisième ministère en termes de progression des crédits derrière l'Emploi et les Affaires sociales. « Lorsque nous avons reçu la lettre de cadrage du Premier ministre en juin dernier (AEF n°211587), il était question que nos crédits diminuent de 3,5 % (- 7 % pour les crédits de fonctionnement et - 2,5 % pour les autres dépenses). Je vous avoue que je me sens donc beaucoup plus à l'aise aujourd'hui. Et je compte sur l'honnêteté de tous les acteurs pour mesurer ce que nous avons obtenu en cette période de forte contrainte budgétaire », poursuit Geneviève Fioraso.
« Il est proposé d'étendre le régime du crédit impôt recherche à certaines dépenses d'innovation réalisées par les PME en aval de la recherche et du développement, portant sur les activités de conception de prototypes de nouveaux produits ainsi que sur les installations pilotes. Le coût de la mesure est estimée à 152 millions d'euros, et à 200 millions d'euros par an en régime de croisière à compter de 2018. » C'est ce qu'indiquent des documents sur projet de loi de finances pour 2013, diffusés par le ministère de l'Économie des Finances, vendredi 28 septembre 2012. Il est précisé que « ces dépenses entreront dans la base du CIR dans la limite de 400 000 euros par an à un taux d'aide de 20 % ». Ces nouvelles dépenses concernent les « dotations aux amortissements des immobilisations, créées ou acquises à l'état neuf par les PME, et qui sont affectées directement à la conception de prototypes de nouveaux produits, autres que les prototypes de recherche. Certaines dépenses liées seront également admises comme les frais de personnel ou de fonctionnement, ainsi que les frais relatifs aux brevets, dessins et modèles », détaillent les documents. Selon le projet de budget pour 2013, la dépense fiscale du CIR est évaluée à 3,350 milliards d'euros.