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L'Assemblée nationale adopte le projet de loi sur l'enseignement supérieur et la recherche, mardi 28 mai 2013, par 289 voix pour et 248 contre (AEF n°188965). Le texte est maintenant transmis au Sénat, qui l'examinera en séance publique du 18 au 21 juin 2013. Les députés entérinent ainsi la création d'un Haut Conseil de l'évaluation de la recherche et de l'enseignement supérieur, en remplacement de l'Aeres. Ils réaffirment ses principes d'objectivité, d'expertise, de neutralité et d'équilibre, et complètent ses missions par celle d'évaluer les programmes et les structures privées de recherche qui reçoivent des fonds publics, ce qui englobe les investissements d'avenir. Ils prévoient également que les règles de confidentialité et de publicité des évaluations des unités de recherche soient définies par décret.
La création du Haut Conseil de l'évaluation de la recherche et de l'enseignement supérieur est adoptée en séance publique à l'Assemblée nationale, lors de l'examen du projet de loi sur l'enseignement supérieur et la recherche vendredi 24 mai 2013. Cette nouvelle autorité administrative indépendante remplace l'Aeres (Agence d'évaluation de la recherche et de l'enseignement supérieur). Les députés ajoutent à ses missions, à l'initiative de Jean-Yves Le Déaut (SRC, Meurthe-et-Moselle), celle d'évaluer les programmes et les structures privées de recherche qui reçoivent des fonds publics, ce qui renvoie entre autres aux investissements d'avenir. Quant à la publicité ou à la confidentialité des évaluations des unités de recherche, l'Assemblée retient l'amendement du gouvernement, inspiré par Anne-Yvonne Le Dain (SRC, Hérault), prévoyant que ce soit un décret en Conseil d'État qui en fixe les règles.
La commission des affaires culturelles et de l'éducation de l'Assemblée nationale a adopté peu d'amendements aux articles 48 à 52 sur le Haut conseil de l'évaluation de la recherche et de l'enseignement supérieur que propose de créer le projet de loi ESR. Lors de sa dernière séance, qui s'est terminée le 16 mai 2013 à 4h50 du matin, la commission a refusé de lui attribuer le nom de Haute autorité, comme le proposait un amendement de la commission des affaires économiques et de son rapporteur pour avis, Christophe Borgel (AEF n°191063). En revanche, les députés ont adopté la nouvelle rédaction de l'article 49 suggérée par le député socialiste de Haute-Garonne, qui vise à « clarifier le dispositif tout en le complétant ». Vincent Feltesse, rapporteur et député socialiste de Gironde, pense que l'évaluation fera l'objet d'un débat lors de la séance publique qui débutera le 22 mai.
Rebaptiser le Haut Conseil de l'évaluation de la recherche et de l'enseignement supérieur en « Haeres », pour « Haute Autorité de l'évaluation de la recherche et de l'enseignement supérieur » : tel est l'objet d'un amendement adopté mercredi 17 avril 2013 par la commission des affaires économiques de l'Assemblée nationale. Son auteur, le rapporteur pour avis Christophe Borgel (SRC, Haute-Garonne), souligne que cette nouvelle dénomination présente des « avantages d'ordre juridique et pratique ». Le député propose aussi de simplifier la rédaction initiale du projet quant à l'évaluation des unités de recherche, sans en modifier le fond. En revanche, il souhaite que l'évaluation des personnels fasse cas des chercheurs qui créent leur entreprise. D'autres amendements, enfin, portent sur la propriété intellectuelle et la stratégie nationale de la recherche (AEF n°191062).
Le Conseil d'État a apporté peu de modifications au volet « évaluation » du projet de loi sur l'enseignement supérieur et la recherche, présenté en conseil des ministres mercredi 20 mars 2013. Il a simplifié quelques formulations sur l'évaluation des unités de recherche. Au total, le projet comporte 20 mesures faisant l'objet de 69 articles (1). Son examen en séance publique à l'Assemblée nationale débutera le 27 mai. Il prévoit notamment la création d'un Haut conseil de l'évaluation de la recherche et l'enseignement supérieur. Il s'agit d'une nouvelle autorité administrative indépendante qui remplacera l'Aeres. « Garant de la qualité des évaluations, le Haut conseil s'inspire des meilleures pratiques internationale et assure ses missions, soit en conduisant des missions d'évaluation dans les établissements d'enseignement supérieur et les organismes de recherche, soit en s'assurant de la qualité des évaluations réalisées par d'autres instances. »