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La concertation entre des représentants du Conseil, de la Commission et du Parlement européens de lundi 17 juin 2013 a permis de dégager les grandes lignes d'un accord dans les négociations sur les différents textes du prochain programme-cadre Horizon 2020, apprend AEF mercredi 19 juin 2013 de source diplomatique. Ce trilogue, « d'une durée particulièrement longue », a ainsi abouti à « un pré-accord » sur le modèle de remboursement des coûts, écartant la piste d'une option en coûts complets défendue par le rapporteur Christian Ehler (PPE, Allemagne - AEF n°188726) et retenant le modèle adopté en Conseil le 11 octobre 2012 (AEF n°204755). Le trilogue a également abordé les questions des délais d'engagement, du remboursement des bonus, d'un budget minimal réservé aux PME dans les 2e et 3e piliers du programme, des énergies renouvelables et de pilotes pour un programme destiné aux industriels.
La commission Itre (Industrie, recherche et énergie) du Parlement européen réintroduit l'option « coûts complets » pour le calcul de la prise en charge des frais indirects, dans sa position sur les règles de participation et de dissémination adoptée mercredi 28 novembre 2012 comprises dans le « paquet Horizon 2020 » (AEF n°201194). Cette option, qui existe dans l'actuel 7e PCRD, offre aux participants la possibilité de déclarer leurs coûts indirects réels en échange d'un taux de remboursement de ces coûts plus élevé. La Commission européenne et le Conseil, poussés par la France (AEF n°204755), avaient de leur côté supprimé cette option, revendiquant la simplification des procédures. La disparition de cette mesure avait provoqué la réaction de plusieurs acteurs de la recherche regrettant la disparition de ce qu'ils considèrent comme un encouragement à une bonne gestion financière, dans la mesure où cette option nécessite une comptabilité analytique assez précise pour identifier précisément les coûts afférents à un projet de recherche donné (AEF n°226762 n°212073 et n°202903).
Les ministres européens de la recherche, réunis en conseil compétitivité, se mettent d'accord sur l'abandon pour Horizon 2020 de l'option « coût complet » en vigueur sous le 7e PCRD, mercredi 10 octobre 2012 au Luxembourg. Actuellement, pour le remboursement du coût indirect des projets de recherche européens, les participants au PCRD ont en effet le choix entre un financement basé sur l'estimation de leurs frais réels (ou « coût complet ») ou sur un forfait. Le conseil s'est mis d'accord pour que cette première option ne figure pas dans Horizon 2020. Cette position, qui correspond à celle de la Commission européenne au nom de « la simplification des procédures » (AEF n°206228), était soutenue par la France (205384) qui souhaite limiter ainsi « le financement abusif de frais indirects par le budget communautaire » (AEF n°204916), mais dénoncée par le Royaume-Uni, l'Allemagne, les Pays-Bas et l'Espagne - ainsi que plusieurs institutions comme la Leru (League of European research universities) et l'EUA (Association européenne des universités). Le conseil a ainsi entériné une « approche générale partielle » sur les règles de participation au PCRD Horizon 2020 au cours d'une discussion présentée par la présidence chypriote comme un débat « pour ou contre la simplification » de ces règles.
L'eurodéputé allemand Christian Ehler (Parti populaire européen), l'un des six rapporteurs du projet de programme-cadre européen Horizon 2020 pour la recherche et le développement, propose de maintenir la possibilité de rembourser les coûts éligibles des projets de recherche financés par l'Union européenne sur la base de leurs coûts complets. Cet amendement figure dans son projet de rapport sur les règles de participation à Horizon 2020. Publié le 4 juin 2012, il sera présenté en Commission Itre (Industrie, recherche et énergie) du Parlement européen le 18 juin 2012 et il est ouvert aux amendements jusqu'au 27 juin 2012 (AEF n°212864). Dans sa proposition, la Commission européenne ne retient que le principe du taux forfaitaire : la règle générale est d'adopter un remboursement de 100 % des coûts éligibles directs justifiés, plus 20 % de ces mêmes coûts pour prendre en charge les coûts indirects, avec une exception pour les projets de R&D dits « proches du marché », où les taux proposés sont respectivement de 70 % des coûts éligibles directs et 20 % de cette somme pour les coûts indirects.