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À l'initiative du gouvernement, les sénateurs adoptent jeudi 20 juin 2013 en séance publique un amendement prévoyant que « l'État transfère aux régions les crédits qu'il accordait » aux « initiatives territoriales visant à développer et diffuser la culture scientifique, technique et industrielle ». Ceci représente une enveloppe de « 3,6 millions d'euros dévolus à la culture scientifique sur les territoires », précise Geneviève Fioraso, ministre de l'Enseignement supérieur et de la Recherche. Le Sénat retient aussi le principe d'associer les collectivités territoriales à l'élaboration des schémas régionaux de l'enseignement supérieur, de la recherche et de l'innovation, ainsi que la prise en compte du monde associatif dans la définition des priorités de la stratégie nationale de recherche et dans le développement de la recherche coopérative.
Les sénateurs rejettent une motion du groupe UMP estimant « qu'il n'y a pas lieu de poursuivre la délibération sur le projet de loi relatif à l'enseignement supérieur et à la recherche », jeudi 20 juin 2013. Les groupes UMP, centriste et non inscrits (à l'exception de Philippe Adnot, Aube) votent pour la motion (170 voix), les groupes socialiste, écologiste et communiste contre, de même qu'une majorité du groupe RDSE (177 voix). L'examen des articles du texte en séance publique commence après ce vote et doit durer jusqu'au 21 juin. Les sénateurs ont à se prononcer sur un total de 376 amendements, dont 47 émanent du gouvernement. À ce stade, l'issue du scrutin sénatorial est incertaine, les groupes UMP et communiste ayant annoncé lors de la discussion générale, le 19 juin, qu'ils voteront contre le projet et le groupe socialiste ne disposant pas à lui seul de la majorité requise.
Dans le projet de loi sur l'enseignement supérieur et la recherche, les dispositions du crédit impôt recherche en faveur de l'embauche de docteurs et de la sous-traitance de travaux à des laboratoires publics sont renforcées par la commission de la culture, de l'éducation et de la communication du Sénat, mercredi 12 juin 2013. Les sénateurs suppriment également un article introduit par les députés, qui prévoyait qu'un « mandataire unique » soit désigné pour gérer et exploiter la copropriété intellectuelle publique résultant des recherches financées par l'ANR. Ils introduisent ou modifient plusieurs autres dispositions sur le statut d'Ater, le « CDD à objet défini », l'usage du titre de docteur, la prise en compte des questions d'emploi scientifique par le Cneser, la définition de la « valorisation des résultats de la recherche » et les relations entre la science et la société.
L'Assemblée nationale adopte le projet de loi sur l'enseignement supérieur et la recherche, mardi 28 mai 2013, par 289 voix pour et 248 contre (AEF n°188965). Le texte est maintenant transmis au Sénat, qui l'examinera en séance publique du 18 au 21 juin 2013. S'agissant des dispositions sur la recherche, le transfert et l'innovation, les députés ont assorti la stratégie nationale de recherche d'une « programmation pluriannuelle des moyens », demandant que les deux stratégies pour l'enseignement supérieur et la recherche fassent l'objet d'un « livre blanc » révisé tous les cinq ans. Ils ont également introduit de nouvelles dispositions prévoyant le rôle des régions en matière d'enseignement supérieur et de recherche, et ont sensiblement renforcé les mesures en faveur de la reconnaissance du doctorat dans la fonction publique.
Le projet de loi relatif à l'enseignement supérieur et la recherche est adopté en séance publique à l'Assemblée nationale par 289 votes pour et 248 votes contre (sur 537 votants), mardi 28 mai 2013, grâce au vote positif des seuls groupes SRC (Socialiste, républicain et citoyen) et RRDP (radical, républicain, démocrate et progressiste). Les groupes UMP, UDI (Union des démocrates et indépendants), GDR (Gauche démocrate et républicaine) et Écologiste ont voté contre le projet de loi. Vincent Feltesse, député PS de Gironde et rapporteur du projet de loi pour la commission des affaires culturelles et de l'éducation, regrette de ne pas avoir obtenu le vote favorable de toute la gauche, ce qui fait « passer par pertes et profits toute la première partie pourtant consensuelle sur la réussite étudiante ». Il espère une abstention des groupes GDR et EELV au Sénat qui examinera le texte en séance publique du 18 au 21 juin (AEF n°189056).