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Le Sénat adopte le projet de loi sur l'enseignement supérieur et la recherche par 172 voix pour et 157 contre, dans la nuit de vendredi 21 à samedi 22 juin 2013. Les socialistes et les écologistes ont voté pour, de même que le groupe RDSE et la moitié des sénateurs centristes, l'autre moitié s'étant abstenue. L'UMP, les communistes et la majorité des non inscrits ont voté contre. En seconde délibération demandée par le gouvernement, l'article 38 instituant les communautés d'universités et établissements est rétabli avec quelques modifications par rapport à sa rédaction initiale. « Nous ne sommes pas d'accord sur tout, mais nos échanges ont été d'une grande qualité », commente Geneviève Fioraso, ministre de l'Enseignement supérieur et de la Recherche, au terme des délibérations. Une commission mixte paritaire devrait se réunir le 26 juin pour élaborer un texte commun aux deux assemblées.
Le Sénat supprime l'article 38 sur la politique de site, qui institue notamment les communautés d'universités, lors de l'examen en séance publique du projet de loi sur l'ESR, les 20 et 21 juin 2013. Les sénateurs apportent également quelques modifications à la gouvernance des universités : c'est le président de l'université qui préside le conseil académique et le droit de veto sur les recrutements est transféré au CA. Le Sénat vote aussi la suppression de la procédure de qualification par le CNU pour les enseignants-chercheurs. L'amendement sur l'augmentation des droits d'inscription pour les étudiants étrangers non communautaires est discuté mais finalement retiré. Le principe de la cotutelle est allégé. Enfin, Jacques Mézard (RDSE, Cantal) n'a pas soutenu son amendement qui aurait pu permettre aux CCI de « filialiser » leurs activités d'enseignement supérieur, en particulier les écoles de commerce consulaires comme HEC.
Plusieurs amendements gouvernementaux sont rejetés par le Sénat, qui examine le projet de loi ESR du 19 au 21 juin 2013 en séance plénière. Ils portent sur la co-tutelle, les stages, les bacheliers technologiques et professionnels, la suppression de la double inscription en formations supérieures en lycée et EPCSCP, l'accréditation. Certains amendements sénatoriaux sont aussi adoptés contre l'avis du gouvernement, par exemple sur des épreuves classantes régionales en médecine. Le gouvernement introduit plusieurs amendements, qui sont par ailleurs adoptés. Ils ont trait aux enseignement en langue étrangère, à l'information des élèves sur leurs futures études, à la non-gratification des stagiaires en formation (para)médicale, au niveau académique retenu pour les conventions entre formations supérieures en lycée et EPCSCP…
À l'initiative du gouvernement, les sénateurs adoptent jeudi 20 juin 2013 en séance publique un amendement prévoyant que « l'État transfère aux régions les crédits qu'il accordait » aux « initiatives territoriales visant à développer et diffuser la culture scientifique, technique et industrielle ». Ceci représente une enveloppe de « 3,6 millions d'euros dévolus à la culture scientifique sur les territoires », précise Geneviève Fioraso, ministre de l'Enseignement supérieur et de la Recherche. Le Sénat retient aussi le principe d'associer les collectivités territoriales à l'élaboration des schémas régionaux de l'enseignement supérieur, de la recherche et de l'innovation, ainsi que la prise en compte du monde associatif dans la définition des priorités de la stratégie nationale de recherche et dans le développement de la recherche coopérative.
Les sénateurs rejettent une motion du groupe UMP estimant « qu'il n'y a pas lieu de poursuivre la délibération sur le projet de loi relatif à l'enseignement supérieur et à la recherche », jeudi 20 juin 2013. Les groupes UMP, centriste et non inscrits (à l'exception de Philippe Adnot, Aube) votent pour la motion (170 voix), les groupes socialiste, écologiste et communiste contre, de même qu'une majorité du groupe RDSE (177 voix). L'examen des articles du texte en séance publique commence après ce vote et doit durer jusqu'au 21 juin. Les sénateurs ont à se prononcer sur un total de 376 amendements, dont 47 émanent du gouvernement. À ce stade, l'issue du scrutin sénatorial est incertaine, les groupes UMP et communiste ayant annoncé lors de la discussion générale, le 19 juin, qu'ils voteront contre le projet et le groupe socialiste ne disposant pas à lui seul de la majorité requise.