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Arnaud Poitou, directeur de l'École centrale de Nantes, voit « trois scénarios possibles » pour la structuration de l'ESR dans la région Pays-de-la-Loire : « les trois universités se regroupent dans quelque chose de très intégré ; une CUE est créée avec les trois universités et Centrale (avec Audencia et l'École d'architecture), et des membres associés ; une CUE est créée, et elle est elle-même membre d'une deuxième CUE dans laquelle on retrouverait tous les membres de l'actuel PRES ». Il explique à AEF, dans un entretien accordé le 20 juin 2013, qu'il n'a pas encore pris position sur cette question. Il attend des indications du MESR, « qui n'a évidemment pas pour objectif de faire moins bien demain que ce qui se fait aujourd'hui ». Arnaud Poitou évoque également les projets qu'il a pour l'école : des projets collaboratifs avec les universités, une réflexion sur la recherche et l'innovation, mais aussi sur la pédagogie, pour former des ingénieurs « à la double culture ».
« L'activité de l'École centrale de Nantes se caractérise par son dynamisme tant dans les projets de recherche que dans les formations proposées, le nombre d'étudiants, les partenariats industriels et l'implication dans des réseaux », relève la chambre régionale des comptes des Pays-de-la-Loire dans un rapport d'observations définitives concernant la gestion de l'ECN, rendu public le 10 décembre 2012. La chambre, qui rappelle que l'école est passée aux compétences et responsabilités élargies en janvier 2011, pointe cependant le « manque d'information financière, notamment sur les coûts de la recherche et de la formation ». Dans sa réponse au rapport, Patrick Chedmail, l'ancien directeur de l'ECN, indique que l'école « a pris la mesure de ce manque » depuis le passage aux RCE. Il affirme qu'aujourd'hui, « à l'exception du patrimoine (compétence non dévolue), l'établissement s'est donné les moyens de la construction de cette information ». La chambre régionale des comptes insiste sur l'importance pour l'école d'avoir « une vraie connaissance de ses coûts réels » ; « qu'elle soit en mesure de déterminer, par type de formation, un coût réel de formation ; qu'elle puisse, pour chaque projet de recherche, s'assurer que sa facturation couvre bien les frais réels ». Elle recommande à l'École centrale de Nantes de « vérifier a posteriori que les facturations des prestations de recherche industrielle correspondent aux objectifs de l'ECN » et « d'estimer de manière précise le coût réel des différentes formations, notamment celles que l'école entend proposer sur le marché international ».
« Un management efficace a constitué un atout majeur pour développer le projet d'établissement et mettre en œuvre le passage aux RCE », souligne l'Aeres dans la conclusion de son rapport d'évaluation de l'École centrale de Nantes, daté d'octobre 2011. L'agence d'évaluation de la recherche et de l'enseignement supérieur estime cependant « qu'une telle cohésion mériterait d'être étendue à l'ensemble des personnels, afin que la vision stratégique de l'école soit mieux comprise et partagée ». De ce point de vue, « la communication interne doit jouer un rôle moteur plus subtil que la seule diffusion d'informations », et « l'ensemble des conseils de l'école doivent, au-delà des questions de gestion quotidienne et des affaires courantes, être renforcés dans leur responsabilité en matière de réflexion stratégique et d'interface avec les différentes catégories de personnels », affirme le rapport. L'Aeres recommande également à l'École centrale de Nantes de « renforcer l'organigramme de direction de l'établissement ». Par ailleurs, le rapport souligne « la notoriété de l'école, qui se traduit par une excellente insertion professionnelle de l'ensemble des diplômés ».