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Christian Gérondeau, l'un des inspirateurs de la réforme de la gouvernance de Polytechnique (AEF n°219262) qui a donné une présidence civile et à temps plein à l'école (AEF n°186845), publie ce 22 août 2013 un ouvrage dans lequel il appelle l'institution à « trancher le malentendu de ses origines ». Dans « La poule aux oeufs d'or, la renaissance de Polytechnique », il estime en effet que l'école ne doit pas être un « grand établissement d'enseignement et de recherche à caractère scientifique » comme elle le revendique, car sa vocation dépasse le cadre des seules sciences : ses élèves ne la choisissent pas « par vocation scientifique ou d'ingénieur », dit-il, mais parce qu'ils veulent « devenir polytechniciens ». L'enseignement « de nature encyclopédique, mathématique, abstrait et déductif » qui leur est imposé aboutirait ainsi, selon lui, au « découragement de la plupart des élèves » et à un « sentiment de grand gâchis ». Il formule donc plusieurs propositions de réforme des enseignements et de repositionnement de l'école.
« La gestion de l'École polytechnique n'est pas satisfaisante », peut-on lire dans un référé de la Cour des comptes sur la gestion de l'École polytechnique daté du 17 février 2012, et rendu public le vendredi 22 juin 2012, qui liste une série de lacunes à plusieurs niveaux. La Cour pointe ainsi une comptabilité analytique fiable « qui n'est pas encore disponible », une politique immobilière qui « doit être professionnalisée », une « gestion des personnels enseignants trop laxiste », des « dérives dans la gestion des chaires d'entreprises à corriger », mais aussi une diversité sociale et de genre « excessivement limitée » et un « recrutement coûteux d'élèves étrangers ». La Cour estime par ailleurs nécessaire le « rétablissement de la 'pantoufle' (1) » et souligne que « le projet stratégique de l'école demande la mobilisationde moyens nouveaux ».
« L'administration de l'École [polytechnique] est assurée par un conseil d'administration et le président de ce conseil. Un officier général assure, sous l'autorité du président du conseil d'administration, la direction générale et le commandement militaire de l'école. » C'est le contenu de l'article 74 de la loi « relative à l'accès à l'emploi titulaire et l'amélioration des conditions d'emploi des agents contractuels dans la fonction publique, à la lutte contre les discriminations et portant diverses dispositions relatives à la fonction publique », promulguée le 13 mars 2012. Cet article modifie l'article L. 755-1 du Code de l'éducation, qui prévoyait jusque-là que « l'administration de l'école est assurée par un conseil d'administration et un directeur général », un décret en Conseil d'État précisant par la suite la répartition des pouvoirs entre les deux. Dans l'article modifié, il est maintenant dit qu'un décret en Conseil d'État « précise la répartition des pouvoirs et des responsabilités entre le conseil d'administration et son président ». L'article stipule encore que le décret en Conseil d'État « fixe également les règles relatives à l'organisation et au régime administratif et financier de l'école, qui est soumise, sauf dérogation prévue par le même décret, aux dispositions réglementaires concernant l'administration et le contrôle financier des établissements publics à caractère administratif dotés de l'autonomie financière. »