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Le décret du 3 septembre 2013 créant, au 1er janvier 2014, l'Université de Bordeaux, par fusion de Bordeaux-I, Bordeaux-Segalen et Bordeaux-IV, est conforme au projet de décret examiné et rejeté par le Cneser le 15 juillet dernier (AEF n°185445). Publié au Journal officiel le 5 septembre, ce texte entérine deux autres changements : le nouveau nom du PRES bordelais, rebaptisé communauté d'universités et d'établissements d'Aquitaine ; et le transfert, du PRES vers cette nouvelle université de Bordeaux de la gestion de « l'opération campus, du portage des programmes d'investissement d'avenir, et de la coordination des services offerts aux étudiants et de la politique documentaire ». Avec 45 000 étudiants et 5 600 personnels, ce nouvel établissement devient ainsi « la troisième université française (en nombre d'étudiants), hors région parisienne », soulignent ses promoteurs ce 6 septembre.
Le projet de décret créant la NUB (nouvelle université de Bordeaux), issue de la fusion de trois des quatre universités du site bordelais (Bordeaux-I, Bordeaux-Segalen et Bordeaux-IV) a été rejeté par le Cneser lundi 15 juillet 2013. L'EPCSCP se substituera à ces trois établissements à compter du 1er janvier 2014. En attendant, sa gouvernance sera assurée par un administrateur provisoire, nommé par le recteur, et une assemblée constitutive provisoire, regroupant les conseils d'administration et les présidents des trois universités actuelles. Les conseils et les directeurs des composantes et des services communs de Bordeaux-I, Bordeaux-Segalen et Bordeaux-IV demeureront en fonction jusqu'à l'installation des nouvelles instances au sein de l'université fusionnée. Le texte consacre aussi le changement de nom et d'attributions du PRES bordelais.
Bordeaux-I (sciences et technologie) approuve en conseil d'administration, jeudi 30 mai 2013, par 20 voix pour, 4 contre et 3 abstentions, sa fusion avec Bordeaux-Segalen (santé et sciences de l'homme) et Bordeaux-IV (droit, économie, gestion) au sein d'une université unique au 1er janvier 2014. L'université bordelaise de sciences et technologie est la dernière à voter ce jeudi, après Bordeaux-Segalen le 23 mai (AEF n°189193) et Bordeaux-IV le 27 mai (AEF n°189033). La création de ce nouvel établissement, qui devrait prendre le nom d'université de Bordeaux, actuellement porté par le PRES, devrait être effective à la rentrée 2013. Une assemblée constitutive, réunissant les trois CA des universités fusionnées, doit se tenir en septembre prochain, après passage du décret de création devant le Cneser cet été.
L'université Bordeaux-IV (droit, économie, gestion) s'est prononcée ce 27 mai 2013 pour la fusion avec Bordeaux-Segalen et Bordeaux-I au 1er janvier 2014 au sein d'une université unique, par 19 voix pour, 11 contre et une abstention. Bordeaux-Segalen (santé et sciences de l'homme) avait déjà voté massivement (25 pour sur 28 votants) dans ce sens le 24 mai (AEF n°189193). Pour être adopté, ce regroupement doit obtenir la majorité de 16 voix sur 30, au sein des CA des trois établissements concernés. Celui de Bordeaux-I (sciences et technologie) se prononcera jeudi 30 mai mais ce vote est moins attendu que celui de Bordeaux-IV, où six administrateurs avaient appelé au « non ». Certains opposants envisagent même déjà l'après-fusion et de proposer un « projet alternatif » à cette NUB (nouvelle université de Bordeaux) « pour la rendre acceptable » par Bordeaux-III (lettres, langues et arts), quatrième université du site qui reste en dehors de ce regroupement.
Les trois conseils d'administration de Bordeaux-I, Bordeaux-Segalen et Bordeaux-IV voteront fin mai 2013, pour la dernière fois, pour ou contre leur fusion en 2014. Au sein de Bordeaux-IV (droit-économie-gestion), le sujet divise encore. Les résistances sont fortes à la faculté de droit, divisée entre son doyen « pro-NUB », Jean-François Brisson, et des « anti-NUB » dont certains « porte-paroles » comme Loïc Grard, ex VP recherche (2005-2011), et Florence Deboissy, ex co-listière du président Yannick Lung en 2012, se sont exprimés en assemblée générale le 10 avril dernier. Le dossier de l'Espé, et de son possible rattachement à la NUB, alors que l'IUFM est actuellement rattaché à Bordeaux-IV, a également tendu les relations en interne, de même que le projet d'IUT unique, les deux IUT de Bordeaux-IV (à Bordeaux et Périgueux) refusant une fusion « pure et dure » avec celui de Bordeaux-I.
85,8 % des votants de Bordeaux-III Michel de Montaigne se prononcent contre la fusion de leur établissement avec les trois autres universités bordelaises au sein de la NUB (nouvelle université de Bordeaux). « Par ce vote, la communauté de Bordeaux-III a clairement exprimé son refus d'intégrer le processus de fusion », indique l'université vendredi 26 avril 2013, après le dépouillement du référendum organisé les 25 et 26 avril. Ouvert à « tous les personnels ainsi qu'aux étudiants élus » (1), ce référendum a connu un taux de participation de 54,34 %, avec 607 votant sur 1 117 électeurs inscrits. 479 personnes ont voté contre la fusion (85,8 %), 79 pour (14,2 %) et on compte 49 bulletins blancs ou nuls.